上海台灣研究所常務副所長倪永杰去（2019）年底發表論文，提到「應尋找並培養參與、從事兩岸協商談判的對象、領袖」，文中點名統派、白色力量的柯文哲，認為柯應「引導他們走上兩岸協商之路」。舊文近日在台被報導後，民眾黨發表聲明回應指「黨的路線差距甚大」。倪永杰21日受訪時表示，這些「學術推論」都站得住腳，也指沒有把柯文哲歸類為統派，還說柯「抗議錯對象了」。
倪永杰接受《風傳媒》訪問時表示，該文章是去年底就發表在《台海研究》季刊，可能大家對紙本內容沒什麼興趣，《台海研究》的微信公眾號在本月15日轉發，也是因為看到人民大學的《台、港、澳研究》期刊收錄才在公眾號轉發。
該文名稱為《關於「兩制」台灣方案與兩岸民主協商的若干思考》，原在去年底發表在《台海研究》季刊（2019年第4期），今年被轉載於中國人民大學報刊的複印資料《台、港、澳研究》雙月刊（2020年第2期）。
文裡提到，陸方應「尋找並培養參與、從事兩岸協商談判的對象、領袖」，包含與台灣各界人士展開多層級、多領域、多範圍的協商談判；二是選擇、鼓勵支持統一、願意協商、積極付出的台灣有關團體、個人打破台灣當局限制、恐嚇，循序漸進地推動兩岸政治協商。
倪文指，「我們要做好統派力量如統一聯盟黨、新黨、親民黨、白色力量的柯文哲、以及島內重大社會團體、重要宗教團體、著名政治人物、具有重大影響力人士、著名輿論工作者的工作，引導他們走上兩岸協商之路」，該段落引起台灣媒體關注。
「我們沒有把柯歸類為統派，我們覺得他就是白色力量」
倪永杰解釋，這篇重刊的微信公眾號文章，可能是被台灣的民視新聞注意到，找了其中一句點名柯文哲做報導。裡面提到大陸要推動兩制台灣方案、推動兩岸民主協商，想找台灣各界代表性人士協商，「柯文哲作為台灣有政治影響力的政治人物，大陸可以希望和他做交流，希望今後走上兩岸民主協商的道路，這些學術推論都可以站得住腳的。」
倪永杰也說，「我們沒有把他（柯）歸類為統派，我們覺得他就是白色力量」，倪永杰分析，柯文哲應是擔心目前台灣被「綠化」的政治氣氛下，網軍會對柯進行政治追殺，加上國民黨現在不是民進黨頭號對手，所以柯文哲有可能成為民進黨頭號對手，對柯文哲展開政治圍攻；而柯文哲希望不要那麼快被圍攻。 （相關報導： 新新聞》馬英九、吳敦義不滿九二共識成過去式 拒赴江啟臣邀宴 ｜ 更多文章 ）
倪表示，「柯文哲第一時間進行抗議，但他抗議錯對象了。他抗議我的論文，應該是要抗議網軍對他的政治追殺。」
