馬英九總統21日出席「海洋與台灣學術研討會」時透露，台日在「東海和平倡議」的理念下展開對話並簽訂漁業協議後，有效減少雙方糾紛，因此我方也有意與中國進行漁業協商，但中國因顧慮涉及主權意涵，遲遲不願與我展開協商。
第三屆「海洋與台灣學術研討會」21日上午舉行，馬英九在開幕致辭時再次宣揚「東海和平倡議」理念，以台日漁業糾紛為例指出，在他主張擱置爭議、共同開發後，台日簽署漁業協議，漁民漁獲大增；此外，台灣與菲律賓在廣大興事件後也進行對話，達成海上執法不用武力等共識，都說明「東海和平倡議」建立解決海洋紛爭的架構，使東海、南海的糾紛大量減少。
至於相鄰海域的中國大陸，馬英九說，中國漁民一直越界捕魚，海巡署秉持和平執法原則，雙方並沒有爭端；然而在台日簽訂漁業協議後，我方不排除與中國商談，但中國顧慮相關協商涉及主權意涵，遲遲不願展開漁業協商。
事實上，在台日簽署漁業協議之後，我方多次呼籲兩岸進行漁業協商，也透過漁業署等部會進行接觸。馬英九去年更曾在接見外賓場合中透露，兩岸正在進行漁業相關協商，試圖合作建立共同養護與管理的區域，減少不必要的摩擦。然而馬英九21日的發言，顯示我方推動兩岸漁業協商的努力遭遇阻礙。
除了推銷「東海和平倡議」，馬英九也針對海洋事務專責部會的成立延宕一事表示，最初政府確實規劃成立海洋部，但推動後發現阻力很大，因此決定先設立海洋事務委員，之後再升格成為海洋部。
馬英九表示，就像農委會、勞委會分別升格為農業部和勞動部，海洋事務委員會儘速成立，等於向成立海洋部又邁進一步，否則成立部的時間恐會遙遙無期。
