前陸委會副主委張顯耀疑涉洩密案衝擊兩岸交流，據了解，中方已要求各地台辦系統對一般性交流活動「冷處理」，對台灣官員訪問的接待層級降至司長級。例如9月中旬內政部常務次長林慈玲隨「台灣建築中心」訪問團登陸時，對口單位中國住建部僅由司長楊榕出面，形成台灣次長對中國司長的不對等情況。
中方表不滿 冷處理兩岸交流活動
對此林慈玲特別說明，此次「台灣建築產業交流團」的團長為台灣建築中心董事長練福星，她係以董事身分與會，並不涉及官方身分；而拜會住建部轄下的「科技與產業化發展中心」，由中心主任亦即司長楊榕出面接待，並無規格降低的問題。
張顯耀案發至今已超過1個月，案情依舊撲朔迷離，對兩岸關係的影響亦難以評估。儘管雙方特別安排海基會董事長林中森與海協會陳德銘公開會晤，強調兩岸「大局」未受影響，然而據中方消息透露，中方涉台系統對於我方草率指稱張顯耀向中國洩密，事後又無法清楚說明，感到相當不滿，要求各地涉台系統近期對兩岸交流活動「冷處理」，如非必要，一律降低接待層級。
張案發生至今，台灣共派出3個次長級訪問團，先後是陸委會副主委吳美紅所率的醫藥衛生參訪團、內政部次長林慈玲參與的台灣建築中心參訪團，以及陸委副主委施惠芬所率的司法參訪團。3個訪團雖然均由次長級官員參與，但中方除台辦系統為副首長出面外，對口部會均只派出司長級官員代表會談。
層級不對等 中方司長對我方次長
其中，9月11日至16日，林慈玲以台灣建築中心董事身分隨「台灣建築產業交流團」訪問北京及青島，國台辦系統並未出面，而是由海協會副會長鄭立中接見；而雙方洽簽合作備忘錄時，也由住建部建築節能與科技司司長楊榕代表。而在參訪團轉往青島後，當地更僅由市台辦副主任秦宇輝出面接待，而非如以往由主管對台事務的副市長出面。
對此林慈玲說明，她以建築中心董事身分隨團，並非訪團團長；訪團行程由內政部「台灣建築中心」與中國「科技與產業化發展中心」對口，雙方代表各自為練福星與楊榕，並不涉及官方身分不對等的問題。
林慈玲同時指出，在北京參訪住建部轄下「中國城市規劃設計研究院」時，對方也由院長出面座談，並無外傳接待規格降低的情況。
然而對照類似行程，今年3月底，屬民間身分的「綠色建築評價標識台灣專家委員會」訪問團赴北京參加產業博覽會，同樣拜會住建部，便由當時的住建部副部長仇保興出面接見並舉行座談。相較此次的半官方訪問，待遇有明顯落差。
而陸、海兩會派出的訪問團，雖然都是由陸委會副主委層級官員率團，其中醫藥團成員更包括衛福部次長許銘能，但對岸仍分別由國台辦副主任及海協會副會長出面，對口部會則由司級官員出面，並將參訪定位為「工作層級對話」。
醫藥團與司法團均非首度訪問中國，近年來一直扮演對口部會直接對話的橋樑角色；尤其司法團自前陸委會副主委劉德勳在任時開始，一向由主管法政業務的劉德勳親自率團，並曾居間安排警政署長王卓鈞訪問中國，會晤對象除公安部副部長外，最高更曾與前中國公安部長孟建柱舉行會談。
