菲律賓首次與中國就爭議的海上領土發生糾紛是在一九九五年，中國在美濟礁豎立五星旗，這個島礁距離菲律賓巴拉望島一三四英里，屬於其二百海浬專屬經濟海域。四年後，中國前進到形狀像是一把鋸齒刀、就在二十英里外的仁愛礁。此時，菲律賓決定採取行動。
菲律賓海軍故意將一艘生鏽的舊軍艦擱淺在仁愛礁，那是一艘三百三十英尺長的美軍舊坦克登陸艦馬德雷山號（BRP Sierra Madre）。菲國海軍陸戰隊一小支部隊此後便住在艦上，防止中國入侵。馬德雷山號擱淺是高明的一招，理由有二：首先，它在仁愛礁設下一條公開的軍事警戒線；其次，儘管已年久失修、無法航行，它仍是一艘菲國海軍船隻，因此受到美菲共同防禦條約保護。如果船上的海軍陸戰隊受到攻擊，菲律賓可啟動條約，美國便會過來協防。中國海警一直虎視眈眈，數度試圖騷擾馬德雷山號的補給船。可是，雙方並未直接對峙。
黃岩島並沒有菲律賓海軍駐軍。因此，當馬辛洛克的漁民歐森和他的船員遭到水炮攻擊及槍枝威脅時，美國政府並未介入。至少這是美國大使傳達給杜特蒂總統及前任總統貝尼格諾‧艾奎諾（Benigno Aquino）的解釋。
每一任總統的反應很不相同，由此可看出菲律賓的性格。如果菲國民主更加穩固，馬可仕下台後三十年能夠經濟成長，或許便可以採取更強硬的立場。可是，菲律賓經歷經濟衰退、議事癱瘓及總統無能，導致該國缺乏軍事或經濟實力去挑戰中國。
丟掉黃岩島之後，艾奎諾無視外交規則，將中國比喻為納粹德國。「到什麼程度你才會說『我受夠了』？」艾奎諾接受《紐約時報》訪問時表示：「全世界都該說了──還記得蘇台德地區被割讓給希特勒以避免二次大戰。」他在訪問日本時再次提到這種比喻：「不幸的是，直到割讓捷克的蘇台德地區……都沒有人說住手。如果當時有人及時跟希特勒或者德國說不，我們就可以避免二次大戰嗎？」
艾奎諾的談話是公開挑戰美國，要求美國進一步保護這個長期盟國與東南亞不遭受中國擴張。可是美國沒什麼可以做或願意做的，菲律賓發現自己缺乏海防來阻止外敵，如同中國在十九世紀中葉的情況。
「對於中國，我們不能對人民許下我們做不到的承諾，」擔任菲國國家安全暨國防委員會主席的菲國參議員洪納山（Gregorio Honasan）表示：「如果我們沒有安全政策，我們要怎麼增進主權？如果我們沒有強勁的經濟，我們怎麼會有安全政策？」
這個階段菲律賓在南海的紛爭涉及三位領袖，個個風格不同：艾奎諾、杜特蒂，及美國總統歐巴馬，他們均背負著美菲長久以來的歷史，由一八九八年美國與西班牙帝國在遙遠的加勒比海的反殖民戰爭延續下來。
