陸委會和內政部積極將賴清德總統的「新兩國論」政策，以行政解釋或修正法規命令的方式，偷渡進入現行的兩岸關係法制中。
例如，大陸地區人民經許可來臺定居成為臺灣地區人民者，卻被內政部認定為具有「中共」和「中華民國」的雙重國籍，因而擔任公職時必須依據《國籍法》的規定放棄「中共」國籍。
單一身分制卻又具雙重國籍的矛盾
兩岸關係法理上的定位為「互不承認主權，互不否認治權」及「一個中國，各自表述」，且在陸委會也多次聲稱兩岸人民為「單一身分制」的現制下，何以近一年多來卻才對大陸人民臺定居者，「發現」他們具雙重國籍的「雙重身分」？
其實，這就是政府在兩岸關係法制中偷渡了新兩國論所致。
兩岸人民的身分歸屬明定在《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》第二條，在臺灣地區設有戶籍之人民為臺灣地區人民，在大陸地區設有戶籍之人民則為大陸地區人民，且第九條之一第一項也規定「臺灣地區人民不得在大陸地區設有戶籍或領用大陸地區護照」。
這些規定都是兩岸人民在兩岸關係上只可能有「單一身分」的法律依據，而「領用大陸地區護照」則是指僑居於外國的情形。
當前大家似乎尚未能釐清的問題是，大陸地區的「中華人民共和國居民身份證」和台灣地區的「中華民國國民身分證」一樣，都是具有國籍「身分」之國民常住於國內的證明文件。
然而，《兩岸人民關係條例》為何僅以設有戶籍，而未規定持用大陸地區的「居民身份證」，作為認定歸屬於大陸地區人民的依據呢？陸委會在回應「陸配」具有「雙重國籍」者不得擔任公職的質疑時，曾說明「依中共法律規定，註銷在大陸的戶口登記，並非喪失國籍。戶籍與國籍是不同的法律概念，其理甚明」。
這樣的說法，事實上卻是混淆視聽。
戶籍是政府對國籍身分的法律認證
兩岸各自的《國籍法》皆有規定，出生時依父母的國籍即具「自然固有」的國籍「資格」，但有「資格」未必即具有「身分」。
例如，某人即使在國內出生，若出生後從未申報過戶口(亦即設立戶籍)，就如同在國家管理的國民中並無此人的存在，此人當然也不會具有國籍的「身分」。
此情形在兩岸都稱之為「黑戶」，不久前臺中市即發現一位已21歲的黑戶青年，而在他未向戶政機關申報戶籍登記前，即不具有國家已「列冊管理」的國民身分。
《兩岸人民關係條例》雖只規定以「設有戶籍」認定兩岸人民身分的歸屬，但實則也隱含了兩岸人民的國籍身分，係分由台灣地區政府所認證的「中華民國國籍」和大陸地區政府所認證的「中華人民共和國國籍」。
只不過，兩岸關係間法理上的政治定位為「互不承認主權，互不否認治權」，所以才在法律上僅以屬「治權」的「設定戶籍」，作為兩岸人民身分歸屬的區分。
因此，儘管大陸地區人民來臺定居設有戶籍前，確實領用「中華人民共和國」國籍身分證明的「居民身份證」，但中華民國憲法並不承認中華人民共和國的主權。 （相關報導： 風評：驅逐一位「陸配」之後 ｜ 更多文章 ）
反之，中華人民共和國也不承認中華民國的國民身分證，同樣以設有戶籍來區別身分歸屬於臺灣或大陸地區人民。
