造成財政困難最直接的原因無疑軍事潰敗。
1938年秋天廣州和武漢相繼淪陷，標誌著華東華南地區主要城市全部落入敵手。國民政府歷來高度依靠的鹽稅、關稅和統一貨物稅收入降至最低點，田賦、營業稅和契稅這三類傳統稅目又是各省政府的主要收入來源，而此時重慶國民政府在名義上仍然掌握的省份，又大多是財政收入最少的省份（例如山西省、貴州省、廣西省和回族省份）。因此，雖然國民政府將這些稅由省府收歸中央，但淨收入並不多。更何況各省的地方實力派還想盡各種辦法（包括匿藏稅款、逃避交稅、轉移資產等等）把稅金截留在本省。
財源枯竭
與此同時，工業基地的縮小也加劇了財政困難程度。自從十九世紀中葉以來，中國經濟現代化的主要地區持續集中在平津地區、淞滬寧地區和珠江三角洲地區，而內地省份的經濟發展則嚴重落後。在抗戰爆發後的最初幾個星期中，華北平津地區相繼失守，該地區以幾代精英辛勤經營所累積的工商企業資產，全部毀於炮火或是遭日本人霸據。在華東淞滬戰役期間，國民政府在敵人猛烈地面炮火和空中輪番炸射之下，奮力進行工業遷移，成功地轉移了約600家工廠，120,000萬噸工業設備以及10,000名技術工人。至於珠江三角洲，則由於廣州淪陷而在一夕之間失去全部產業。1937年至1945年間，中央政府竭盡全力擴大大後方工業生產。儘管工廠數量在1945年已經增加到4,400家，但絕大多數規模微小、資金不足、機器陳舊、產品產量較小而且品質粗糙。但是面對世界工業大國的日本，它們卻是維持中國抗戰的全部工業生產的基礎。
到1942年春天以前，西方國家經由滇緬通道每個月運至昆明的物資大約有15,000噸。但是緬甸戰爭失敗（1942年5月），滇緬和越南通道全面關閉，機器設備與工業原料的進口戛然而止。儘管國內在沒有外援情況下仍然試圖增加產量，但成果遠遠無法滿足抗戰需求。到1944年，重慶政府統治區一年僅能出產鐵40,134噸（公制）、鋼13,361噸、水泥40,655桶、車床4,677台、發動機總功率14,487匹馬力。鎢和錫等礦產急劇下降。與此同時，中國兵工廠的軍火生產力尚不及戰前的50%。在戰爭物資與民生用品的生產比例，各類產品的輕重緩急，以及物資和設備的運輸、分配、徵用、儲存等問題上，政府各部會間和政府與民營企業間，基本上各自為政，行政院沒有執行整體規劃與調控。實際上直到1944年底，美國戰時生產委員會的納爾遜（Donald Nelson）才建議中國政府設立中國的戰時生產委員會，以實現對生產進行有系統控制。但是日軍發動的「一號作戰」卻對中國工業生產在1944年造成了自開戰以來最嚴重的摧毀。其中以河南、湖南、和廣西的工廠損失最為慘重，部分產業90%以上的生產力遭毀。在如此不利環境下，重慶政府不但難以從工業生產中汲取財政收入，而且根本無法依靠孱弱的工業去滿足最低限度的軍用與民生需求。 （相關報導： 陳朝平觀點：歷史的靈魂飄盪在午後的中正紀念 ｜ 更多文章 ）
南京政府雖然一直要等到1936年才開始試行新的財政收入來源，和建立新的稅制去徵收固定稅（諸如所得稅、增值稅、營業稅等直接稅），但是這些徵稅的努力隨即被戰爭干擾，而且受制于考慮欠周的法規與不當管理。直接稅徵收制度有效施行的先決條件是據實申報所得，但是由於現代化的會計制度在中國商業界尚處草創階段，因此無論是有關個人所得或是商業營業額，其隱瞞與造假程度都普遍嚴重。除了商人竭盡智力的逃稅手段外，地方稅務部門也長期存在有貪污、經驗不足等問題。難怪在1943年，直接稅僅占重慶政府現金收入的12%，而到了1945年更降到只占5%。等於是名存實亡。
