台北市長柯文哲在擔任台大醫院創傷部主任時的研究助理劉如意，涉嫌拿不實發票向台大醫院核銷6188元，涉犯偽造文書罪，劉如意今（14）日坦承犯行，台北地檢署檢察官除予以緩起訴外，也要她繳交2萬元給國庫。
《蘋果日報》報導，該案由偵辦檢察官依職權送高檢署再議，高檢署檢察官認為緩起訴處分沒有問題，駁回再議，全案確定。
廉政署在2011年11月偵辦中研院生物醫學科學研究所博士蕭雅文涉長期詐領國科會補助經費案，搜索元霖文具行時，意外查獲元霖和上千名教授交易的內帳，請教育部政風司查核後發現，包括柯文哲在內的醫師都與蕭雅文一樣，涉嫌利用不實發票核銷國科會經費。廉政署與檢察官商議後，將教授詐領補助款案交給台北市調查處接手偵辦。
市調處偵辦後發現，柯文哲在多年前擔任國科會研究計畫或贊助廠商委託台大醫院辦理研究計畫主持人時，以元霖開立的不實發票辦理核銷，被市調處依貪污罪傳喚到案。柯文哲在詢問後走出市調處時，數度哽咽痛批「白癡把國家搞成這樣，我自己來幹算了！」
市調處後來將劉如意及柯文哲的案子移送台北地檢署偵辦，劉如意供稱，有向柯報備辦公室需要購買椅子和桌子，但並沒有將每一筆細節都向柯報告。而當時她也有發現元霖提供的發票與名目不符並詢問元霖，元霖竟稱「台大醫院其他部門也都是這樣做。」
劉如意原本被依涉犯貪污罪偵辦，但受到全國教師工會的反彈。最高法院刑事庭裁決，公立大學教授不具《刑法》的公務員身分，也並非授權公務員、委任公務員，不應以貪污罪偵辦。去年10月，檢察總長顏大和邀請全國偵辦國科會補助款的檢察署開會，並決議遵循最高刑事庭的決議，認定教授及研究助理不具公務員身分，貪污罪得以解套，改以《刑法》偽造文書等罪偵辦。
由於該案與喧騰一時的MG149案相似，為釐清全案以及MG149如何動支以及核銷經費，北檢已將2案都交給負責偵辦MG149案的檢察官，希望能釐清案情，目前柯文哲涉及2案的部分，全案仍在調查中，尚未傳喚柯文哲。
