位於高雄市旗山、內門交界的「馬頭山廢棄物掩埋場」，在3月2日的第三次環評大會還無法釐清爭議，需補件再審。實務上一個案子補到第四次已屬罕見，表示此案在一階環評已無法釐清爭議。而且依高雄市環保局的審查結論，多項都符合環評法「對環境有重大影響之虞應二階環評」規定，因此唯有進行二階環評，並針對爭議事項舉行專家會議，才有釐清爭議的可能。
生態豐富之地，應有完整且深入的調查
這次審查高雄市環保局做出六點決議，其中一到四點包括生態資源、邊坡穩定、地下水流向、放流水等都屬對環境有重大影響之虞，也是會中爭議的焦點。
1、開發場址及鄰近區域生態資源相當豐富，請再補充基地內核心五處動植物生態調查，以充分了解開發基地內之生態狀況。
2、開發區域涉及邊坡穩定之風險，請進一步提出掩埋量體複合型災害(如暴雨併同地震同時發生)高密度之穩定度分析。
3、請詳細評估說明開發基地內水體(地面水及地下水)分佈、流向。
4、本案廢水放流口下游 20 公里外尚有農田水利會位在二仁溪後寮抽水站、大湖抽水站，請說明對二仁溪灌溉水質之影響。
首先針對第一點生態資源，在環說書以及過去多次審查中業者提到的資訊不多。但這次審查有兩位國際知名的動物研究專家到場，一位是陸蟹專家劉烘昌、另一位是屏科大野保所所長黃美秀，他們都認為業者的生態調查太過粗略，劉烘昌甚至指調查方式違反環保署所訂的「動物生態評估技術規範」。
劉烘昌舉證，業者未依環評委員要求做四季調查、並將範圍擴大到一公里，而且調查時間不對，在冬天馬頭山最乾旱時做調查，爬蟲類、青蛙都不會出來。而他在這裏發現高密度的食蟹獴，這是溪流環境的指標生物。此外還有梅花鹿、以及大量的厚圓澤蟹，這同時也印證馬頭山存在豐沛的地下水。
黃美秀則提到，她在短短2個小時的現勘就發現麝香貓、食蟹獴的排遺，還有山羌、水鹿的腳印，她很驚訝這個看似不毛之地的地區，竟然有這麼豐富的生態。她也提到農委會林務局今年起基於里山倡議精神，營造淺山地區友善生態環境，這項計畫推的綠色保育代表就包括石虎、山羌、白鼻心、穿山甲、食蟹獴。
保育追求的是大而連續的生態環境，棲地破碎化對動物存續的影響很大。因此馬頭山的生態情形，當然需要更有說服力的調查。
邊坡穩定、地下水風險尚未釐清
至於第二點邊坡穩定，台灣水資源保育聯盟委員陳椒華提到，場內數口水井未開篩 (將導至地下水無法進入水井而量不到水位)。而計算掩埋場邊坡是否穩定，地下水數據是重要關鍵，一旦地下水不正確，邊坡穩定計算也會出錯。一個掩埋到160公尺高的掩埋場，邊坡不穩定將陷鄰近居民於極大的風險中。
