民進黨重新執政後，加速推動2025非核家園理念，廢核過程所導致的綠電躉購成本增加，以及短期燃煤發電增加所導致空污防制費用增加，都加重了經濟部與環保署附屬非營業基金的財務支出，以空污基金為例，該基金在政黨輪替前，基金結餘還有74.1億元，在政府推動二行程機車汰換等政策後，今年底基金結餘預計只剩下18.9億元。同樣地，目前結餘24.6億元的石油基金，未來將用在全台2000座老舊工業鍋爐汰換，核能發電後端營運基金去年底貸與台電金額，高達1801.86億元，相關非營業基金未來的財務負擔，值得各界重視。
根據《預算法》第4條規定，特別收入基金係指歲入之供特定用途的特種基金，特別收入基金的設置，目的係確保政策推動不因財源中輟而中斷。基於基金財務的永續運作，特別收入基金在決定徵收費率後，後續的財務規劃應該以「量入為出」為原則。
不過，能源局下轄的3個非營業基金，不管是由哪一黨執政，在基金的來源與運用上，都曾經引發爭議。
空污、石油基金馬時代曾遭批「小金庫」 綠營執政後持續縮水
根據經濟部預算報告，石油基金與能源研究發展基金，每年收入分別約54億與29億元，再生能源發展基金在民進黨執政後，成長速度更為驚人，今年預計向綜合電業收取的綠能躉購費用，高達96億元，預估比去年的68億元成長4成。
馬政府時代，中油與台塑石化在2010年被踢爆未因油品含硫量調降，持續以舊標準溢收油品空污費、 石油基金，累計3年多，空污費溢收金額達25億元、石油基金29億元，合計約54億元；2012年經濟部以石油基金，補助民眾購買節能標章家電，並且以「能源研究發展基金」列支相關廣宣經費，隔年遭到監察院糾正。
相較於空污基金與石油基金，在馬政府時代被批評為「小金庫」，民進黨重新執政後，為了支應綠能與空污防制相關費用，相關基金的支出過去2年更是大幅成長，導致基金規模持續縮水。
汰換二行程機車、柴油車補助 空污基金3年從74億花到不足19億
以環保署空污基金為例，2015年底空污基金結餘仍有74.1億元，但去年起由於環保署加碼二行程機車汰換與老舊柴油車濾煙器補助，空污基金規模持續縮減，預計今年底只剩下18.9億元，為了支應空污費用，國內販售之汽柴油自去年9月起，已經分別調漲1角與2角，汽柴油空污費未來10年調漲所籌措近200億元財源，都將用在空污防制相關補助。
石油基金從166億用到剩25億 仍須支應2000工廠鍋爐汰換
失血的不僅僅是空污基金，扁政府末期規模達166億元的石油基金，過去幾年縮水的速度更為驚人，該基金在2015年底餘額仍有近40億元，2016年上半年石油基金的徵收費率，還調高到千分之5法定上限，但這2年的基金餘額只剩下25億元左右，接下來還得支應2000座老舊工業鍋爐汰換補助。 （相關報導： 部會坐擁5兆「小金庫」大開方便門 四大「土豪部會」超級大戶 ｜ 更多文章 ）
非營業基金，更大一個潛在財務缺口，則是因應2025非核家園的「核能發電後端營運基金」，儘管台電核能發電量每度提撥0.17元，進入該基金專款專用，但在馬政府時代，該基金貸款台電金額高達1801.86億元，由於台電目前仍有高達700億元累計虧損待彌補，未來廢核所需核廢料處理成本，如何能不反映到電價成本，恐將成為重大挑戰。
