根據已修法1年半的《工廠管理輔導法》，各地方政府自申請納管的農地違章工廠收取納管輔導金和營運管理金已達20億元，環團「地球公民基金會」14日偕同民進黨立委洪申翰與時力立委王婉諭，在立法院召開農地違章工廠輔導金相關議題記者會，要求各地方政府說明經費用途，並呼籲這筆錢應用於拆除違章工廠。
立法院於2019年6月三讀修正通過《工廠管理輔導法》部分條文，並於2020年3月20日公告施行。依《工輔法》規定，2016年5月20日前，農地既存的低污染未登記工廠，須在2年內申請納管、3年內提工廠改善計畫，10年內取得「特定工廠登記」，落日期限為20年。
地球公民基金會山林國土組研究專員吳沅諭指出，依據《工輔法》，農地違章工廠申請納管後、用地變更前，每年依據廠地面積，需繳交2萬元至10萬元的納管輔導金與營運管理金。
吳沅諭：新北、桃園、台中、彰化、台南與高雄已收取數億輔導金
吳沅諭表示，地方政府都表示財政困難，沒經費可以拆除違章工廠，但《工輔法》已修法上路1年半，農地違章工廠重災區縣市，如新北、桃園、台中、彰化、台南與高雄都已收取數億元的納管輔導金與營運管理金，地方政府應說明清楚經費用途，並應將這筆錢用於拆除違章工廠。
洪申翰指出，地方政府收取納管輔導金與營運管理金已達20億元，有多少用於輔導是個問號，若這些資訊不透明，會引發「拿錢不辦事」的質疑，導致需輔導的廠商認為未接受到政府的協助，也引起民團不滿。
王婉諭：地方政府怠於執行拆除未登記農地工廠時，應酌予減列、減撥或緩撥補助款
洪申翰認為，《工輔法》的精神是合理納管、輔導，相關資訊應公開接受民意監督，才能檢視在落實《工輔法》上，中央與地方政府有無盡到相對應責任。
王婉諭指出，農地違章工廠影響食安與健康，去年《工輔法》公告施行後，要求地方政府要針對2016年5月20日後新增的未登記農地工廠，進行斷水斷電及拆除，但各縣市的執行度不一。王婉諭呼籲經濟部說明「怠於執行」的定義，訂出相關規範，並依《工輔法》規定，當地方政府怠於執行斷水斷電及拆除時，酌予減列、減撥或緩撥相關補助款。
