檯面上的台日關係，經貿是主旋律，檯面下的外交、軍事議題一向多是「可做不可說」，籠罩著一層低調且神祕的面紗。如果說出來，怕踩到「紅線」而淪為政治口號。不過最近總統蔡英文直白地提出呼籲。
台日軍事互動從低調到高調
總統蔡英文於二○一七年十二月二十六日接見日本自民黨參議員瀧波宏文一行人時高調呼籲，未來雙方也可以「加強安全戰略上的合作關係」，共同維護區域的和平穩定。在近期中國機艦不斷繞台局勢下，蔡英文似乎是有感而發，又或是日本近來對台轉趨緊縮的急迫感。
其實台日倡議安保合作，從前總統陳水扁時期就已開始。
二○○一年，時任駐日代表的羅福全表示，修正對日外交方針，加強台日美三方面安保串連；○二年、○四年，時任閣揆的張俊雄、游錫堃也提出台日建立「安保對話機制」；時任國安會秘書長的邱義仁曾「密訪」日本，協調相關事宜，國防部總政戰局局長胡鎮埔更首開現役上將赴日先例。
在情資分享方面，前國安人士以○五年為例，國軍執行反潛任務時，偵測到中國潛艦航行穿越宮古海峽，當時我方就與日本、美國分享情資，成為形式上的共同監控。而日本防衛省統合幕僚監部大約自一五年起，公布中國軍機艦穿越的監控訊息，基本上，也是一種知會台灣與美國的方式。
○五年，陳水扁接受日媒專訪，拋出台美日有必要進行軍事交流或合作。○六年，陳向日國會議員直接喊出台日軍事同盟；同年，陳再向日本政界提出應推動「日版《台灣關係法》」。
但東京方面反應克制冷淡。日媒《朝日新聞》曾報導，○二年，台灣國安會提出海難救助訓練、軍演相互通知、軍事教育機構交流及反恐協商，都被日方認為恐刺激中國，暫不接受。
中山大學日本研究中心執行長郭育仁分析，扁政府時期兩岸關係緊張，扁轉向與日結盟，但時機未臻成熟，主要是中日情勢尚未緊繃，當時台日較傾向建立檯面下溝通渠道。
馬英九時代，推動台日安保機制消音
另一項我方與日本軍事交流的管道，就是美國兩年舉辦一次的環太平洋軍事演習（Rim of the Pacific Exercise, RIMPAC），邀請日本在內的二十多國，進行全球最大的海上演習，甚至中國也曾參與。我方則不派艦艇，而是以觀察員身分觀摩，在演習中，與日方也會有所接觸。
不過○八年，前總統馬英九上任後，台北推動台日安保機制幾乎消音。
郭育仁指出，馬政府著重加強台日經貿合作，將台日自由貿易協定（ＦＴＡ）化整為零，與日簽署二十八項協定；不過其中幾項協議仍有戰略、安全合作意義，如台日漁業協議、海上航機搜索救難合作，以及為反恐交換入出境管理事務情資等。
日本首相安倍晉三的胞弟岸信夫，也與台灣交流極為密切，曾於一四年二月，在自民黨「促進日本、台灣經濟文化交流年輕議員之會」，主張以制定日本版《台灣關係法》為推動目標；一六年總統大選前後，岸信夫也多次代表安倍穿針引線，與蔡英文接觸。
蔡英文上台以來，對台日安保合作未多著墨，僅持續深化經貿及文化交流，雖特別建立「台日海洋事務合作對話會議」，但目前只商談漁業、海上搜救、海洋科技合作及沖之鳥爭議等議題，並於一七年十二月簽署《海難搜索救助合作備忘錄》，是蔡政府與日第五份協定。
