然而這樣的雙軌併行制，會產生什麼樣的爭議？或者真的對綠能產業有促進的效果？
原本公務預算支應的項目，為何現在要全民買單？
目前基金用途項目內之諸多項目，如設備補貼、研發補助，原本似乎乃應以公務預算支應之項目。但在這裡，竟然要用電戶全民分攤，合理化之依據為何，並不清楚。
買單也就算了，還空白授權，高興怎麼收就怎麼收？
針對繳交義務者，僅規定直接繳交義務者，應繳交「一定金額」。而此種立法方式，乃屬於所謂空白授權之方式。依據大法官釋字426號解釋，「惟特別公課亦係對義務人課予繳納金錢之負擔，其徵收目的、對象、用途自應以法律定之，如由法律授權以命令訂定者，其授權符合具體明確之標準，亦為憲法之所許。」但顯然在此，我們並不知道該「一定金額」制訂之具體標準到底為何？
形同具文？沒有保證台電必然可反映在售電價格中
當然此次修法，係希望解決在再生能源發展條例制訂後，一直到104年中新電價公式上路前，台電公司繳交基金後，到底能否反映於電價之爭議。故此一問題，似乎在104年新版電價公式上路後，就已經大致解決。
但對於台電而言，更大的問題在於，目前第七條第五項所稱之售電業得反映於其售電價格之權利，照道理，一般法規若有此種規範，意思為：「我售電業可以選擇反映或不反映，但我一旦選擇反映，就是可以反映」而這樣的結果，也造成台電公司可以將其推動再生能源之成本足額反映在電價上，有利於其持續支持再生能源發展。這無論對台電或者再生能源發展業者，都是雙贏的局面。
然而，這在我國實務運作上，卻因電價審議機制之存在，導致非常特殊之現象。特別是新電業法後，已經刪除台電公司『法定』合理利潤之保障，而完全由電價審議機制決定，是否要有合理利潤？給多少？而其中也包括，是否反映再生能源發展之成本（包括：執行FIT之政策性負擔、再生能源發展基金之成本）。
故建議，針對電業法修正後，導致的此一重大立法疏失應由再生能源發展條例加以填補，明定售電業得反映於其售電價格上。電業法第四十九條之審議會及中央主管機關，不得拒絕反映。
收更多的錢，等於再生能源業者受惠更多？
當然在此次修法，其實最重要的核心，仍應扣緊，這樣的修法，收了更多了錢到底對再生能源推動會有什麼幫助？這些收的錢，當真會用到再生能源開發上面？還是業者向來擔心的無關的用途上？
環保署的基金，都可以來做低利融資與保證，為何經濟部下的再生能源發展基金不行？
彭博也指出台灣發展再生能源之資金不足，對於台灣未來能否順利達成2025的再生能源目標甚有疑慮。而民間業者也多對低利融資與保證，相當期待政府伸出援手。若環保署的空污基金，都可以來做類似的用途（十三、關於辦理各項空氣污染改善之貸款信用保證事項。），實在殊難想像經濟部的基金沒有此能力，而必須要仰賴行政院或其他民間資金。
