儘管北京兩次飛彈試射未對台灣造成實質危害，但國軍仍對防空能力和對解放軍飛彈攻擊威脅因應對策做出調整，包括採購愛國者防空飛彈系統、自行研發反飛彈系統、發展可執行報復攻擊的地對地飛彈，都因此次危機而展開。
發生於一九九五、九六年的台灣海峽飛彈危機，又稱第三次台海危機。由於時任中華民國總統的李登輝，在九五年訪美、並在康乃爾大學發表〈民之所欲，常在我心〉演說，加上即將在九六年舉行的首次總統直選，引發北京方面的緊張。
彈著點離台灣本土僅五十五公里
北京因而於九五年七月二十一日到二十八日，以及九六年三月八日至十五日，在台海進行飛彈試射。其中九六年三月的這一波，更讓美軍派出獨立號與尼米茲號兩個航母戰鬥群到台海。
在九五年七月的飛彈試射中，解放軍從江西鉛山基地向著台灣北方的彭佳嶼海域，前後共發射六枚東風-15地對地短程彈道飛彈。而在九六年三月的飛彈試射中，解放軍從福建永安和南平基地發射四枚東風-15，射向台灣東北部基隆外海和西南部高雄外海，彈著點離台灣本土僅五十五公里。
儘管兩次飛彈試射並沒有對台灣造成實質的危害，北京希望拉高兩岸對抗形勢，讓李登輝在總統選舉落選的意圖也沒有成功，但政府和軍方從此開始調整國軍防空能力和對解放軍的飛彈攻擊威脅因應對策。
九五年時，國軍建軍政策由陸軍主導，國防部長蔣仲苓與參謀總長羅本立都是陸軍出身，因應作為以採取疏散等「消極防禦」為主流，對於解放軍的對地飛彈攻擊，有「飛彈掉下來不過是個大洞」、「對地面戰力影響不大」等論點。
國軍當時沒有對中國陸地進行報復攻擊的飛彈，在此之前，國軍曾有青蜂和天馬兩個地對地飛彈計畫都因故放棄，對於飛彈防禦系統（ＴＭＤ）的建構也相當消極。
愛國者與弓三架起台灣飛彈防禦網
關於前者，羅本立在解放軍飛彈試射後，緊急下令要求中山科學研究院，將四枚原為地對空用途的天弓二型飛彈，改造成為地對地戰術飛彈（後命名為天弓二Ｓ），並前推部署在某外島。傳聞中還重啟了天馬計畫，希望可以在解放軍真以飛彈攻擊台灣時，進行報復反擊。
但台灣的地對地飛彈計畫也止步於此，不但屬於中程彈道飛彈的天馬計畫重啟後並未持續，傳聞中屬於中程巡弋飛彈、宣稱可直接攻擊北京的雲峰計畫也多次取消重啟，仍在一切未知的情況。
倒是天弓二型在二○一六年的「105-2三軍聯合精準彈藥實彈射擊」演習中，被當成愛國者防空飛彈系統的標靶，間接證明其有改為對地攻擊彈道飛彈的潛力。
另外，原為對艦設計的雄風飛彈，則在長期的研發後，成功製造出雄風二E地對地次音速巡弋飛彈，採低空、貼地表，隨地形、地貌變化起伏飛行，功能類似美軍戰斧巡弋飛彈，攻擊範圍遍及香港、澳門、廣州、長沙、福建、上海、南京等中國東南沿海都市。
一九九六年三月解放軍的飛彈試射，也讓國防部決議將籌建ＴＭＤ納入重大建軍政策，並在九六年十月向美國採購愛國者二型飛彈系統正式部署，編成愛國者飛彈營，並開始擔任戰備。
目前國軍擁有九個愛國者三型飛彈連，分別部署於南港、新店、萬里與中南部等位置。國防部在去年底宣布與美方簽屬愛國者飛彈技術支援合約，加強軍方現有愛國者三型飛彈的系統穩定度、可靠度。
另外，中科院研發出具有攔截短程戰術彈道飛彈能力的天弓三型地對空飛彈，與愛國者飛彈系統搭配防禦解放軍的飛彈攻擊。
天弓三型計畫也是九六年飛彈危機的「產物」，在九六年四月開始計畫，二○一五年國防部宣布量產，計畫在一五到二四年，斥資七四八餘億元全面取代服役超過半世紀的MIM-23鷹式飛彈。目前天弓三的部署地點除了少數公開外，仍是機密。
美國國防部發布的中華人民共和國軍事發展報告書指出，中國人民解放軍擁有一千到一二○○枚短程彈道飛彈，搭配二百到二五○具發射設施；二百到三百枚中程彈道飛彈，搭配七十五到一五○具發射設施；二百到三百枚巡弋飛彈，搭配四十到五十五具發射設施。報告書並認為解放軍有超過一一○○枚短程彈道飛彈部署係針對台灣。 （相關報導： 新新聞》弓三增程試射失敗，原因在太空元件失靈 ｜ 更多文章 ）
北京撤飛彈遙遙無期
台灣歷屆政府多次向北京喊話，要求解放軍撤除針對台灣部署的飛彈，但北京的回答總是要求台北在「一個中國」的架構下對話。一五年馬習會，馬英九也曾對習近平談到對台灣飛彈的部署問題，習近平的回答是，飛彈不針對台灣。一六年後兩岸停止官方對話，撤除飛彈的談判，短期內恐難展開。
