司法改革近年來成為社會關注焦點，其中「法官迴避制度」也是許多民間司改團體要求改革的問題之一。真理大學法律系副教授吳景欽以太極門案為例指出，前審受命法官曾參與準備程序和實質調查，而案件上訴到最高行政法院，又讓因職務調動到最高行政法院的同一位法官參與審查，「照理說應該要迴避」。對此，臺灣財經刑法研究學會理事長陳志龍也批評，現在法官迴避制度已是「形同具文」。
臺灣財經刑法研究學會與立法委員邱顯智辦公室16日合辦「誰來審判？台灣司法公平審判？反造假運動」公聽會，探討檢察官借調行政執行署與法官迴避制度等議題。陳志龍表示，「台灣司法最大問題在於人，帶有假面具的人」，從太極門案中可看出三波段的司法問題，從檢察官造假濫權起訴，到法官不遵守迴避，兼跨高等行政法院和最高行政法院的審查，最後是檢察官借調行政執行署、廉政署制度。
檢察官制度亂套 司法機關走向「角頭化、幫派化」
陳志龍質疑，檢察官應該具有獨立性，行政執行署借調制度形同是讓「檢察官脫離原有權責」，且司法官轉任到行政機關的待遇和年資可併計，「現在檢察官是刑事訴訟法的檢察官？還是行政訴訟法的檢察官？還是廉政署的檢察官？司法官和行政官混在一起，已經亂套了！」
法治時報社長黃越宏也感嘆，整個國家正在走向「角頭化、幫派化」，「調查局變成調查堂，檢察署變成檢察堂，國稅局成為國稅堂，幫主就是法務部長、司法院長」，一個正常法治國家，公務員應以守法為第一原則，否則就跟黑道沒有兩樣。
黃越宏指出，檢察官借調執行署查逃漏稅，已經與檢察官工作無關，竟然可以領檢察官加給，還能加到退休金？「就是因為角頭化，只要角頭說能領就能領。」同時，他也批評日前發生總統在接見民間司改團體時找來大法官說明，「大法官權責上能夠彈劾總統，但總統能在下雨天打電話叫大法官跑步過去，這就是幫派化、角頭化最明顯的現象。」
司法實務限縮解釋 人民申請法官迴避從未被准許
針對法官迴避議題，黃越宏指出，刑事訴訟法明文規定法院職員應迴避的各種情況，其中人民申請法官迴避，「這在台灣卻從來沒被准過。」他以洪英花案為例，原告要求傳前法官當證人，證人也同意，但法官就是不傳，申請法官迴避也不準，全台灣有兩種人做錯事不用負責，一是算命師、一是司法官，「算命的不准還可以下次不找他，可是檢察官、法官不公平卻不能換人？」
黃越宏強調，迴避制度是司法最基本的人權落實，既然國家賠償法豁免司法官員的錯誤，那人民就要有權利申請法官迴避。他建議，法務部、司法院應明訂申請法官迴避，以准為原則，不准為例外並須說明，「這樣老百姓的怨氣至少可以少掉一半。」
