由於論文造假案風波，楊泮池強烈表達不續任的意願，而台大校務會議決議通過，並啟動遴選新校長的機制，將於楊泮池卸職後盡快成立凌選委員會，展開遴選作業，最快在2018年1月21日投票產生新校長。而校務會議也在最終做出決議，
外界因論文造假風暴而對台灣大學的學術倫理產生質疑，捲入此案的台大校長楊泮池也在23日的校務會議上再度重申不續任校長。對此台大校務委員會也鼓掌通過，表示即日起啟動校長遴選機制。依台大組織規程，本月25日函請各單位提供候選人名單，6月24日校務會議票選遴選委員。
楊泮池的任期只到6月21日，他表示在這2個月將會交接校務工作，而在卸職後到新校長選出的期間，將讓副校長張慶瑞擔任代理校長職務。新校長預計將於2018年的1月選出，台大將有近半年時間由副校長暫代校長職務。
而除了遴選機制外，也將成立特別處理委員會，處理外界對於學術倫理的質疑，張慶瑞表示，未來會設立處理此事的SOP。校務會議也提出三點決議，包含台大將秉持自律自主精神繼續學術研究；認為台大校長楊泮池雖應故去職，但在任內積極任事，對台大建樹良多。
第三點是針對特別委員會的組成成員，將由一名副校長、主任秘書、研發長、教務長、與各學院推選一名校務代表、行政人員代表，學生方面則有研究生學會會長、學生會會長。此組織將採主席互相推選，並建立危機處理機制，而在討論後凝聚共識就即刻對外發布，下一次將在6月10日校務會議進行報告。 （相關報導： 教育部逼他盡快去職？ 台大校長楊泮池：只能回應「謝謝，謝謝」 ｜ 更多文章 ）
對於校務會議結論對於楊泮池功過的看法，有些現場委員認為有些不妥，但仍拍手通過。台大物理系教授林敏聰就認為，此事是牽扯到論文造假，且是「持續有計畫」的，這會影響外界對台大研究的信任度。雖然在調查結果顯示楊泮池只有督導不周的責任，但他也提到，在理工的研究上，如果有人同一個圖表用在不同研究上，就不會再信任這個人，也遑論與其合作。
