而政治犯學習政治理論、分為「積極派」與「消極派」一事，在新店軍監也存在，軍監許多人會圍繞一些政治領袖如陳行中進行談論，白色恐怖受難者陳英泰如是說：「被關的大多數人，是中共為迫在眉睫的台灣解放，濫竽充數、倉促吸收的統一戰線產物、或是被冤枉的人，很多人根本就沒受過政治理論的洗禮……既然現在都為政治問題坐牢，且有的是時間，趁機把政治理論研究好了才知道真理所在。這種想法過去在綠島成為主流，現在也在軍監成為主流。」
這些口頭討論也引起獄方警覺，因此透過「細胞」鋪底、佈置偵查打入其想像的「組織」，其中「細胞」多為過去的軍人，長期密報下終於在1953年5月開始「收網」，大舉搜房、政治犯脫光檢查、找出上百份為了政治學習抄寫的字條，選定陳行中等47人作為所謂「叛亂組織」嫌疑人移送。
雖然一開始特務不斷嚴刑逼供都找不到任何「組織活動」的佐證，但在獄囚馬時彥被偵訊時說出「新聯會」（新民主主義革命同志聯合行動委員會）一語後，一個不存在的組織就這麼成立。獄囚馬時彥、祝英節不只承認加入所謂「新聯會」，他們的指控也將其他獄友拖下水，越靠近者兩人的刑期越重、猶如「死亡中心」。本來第一階段已將案子告段落發回輕判，上呈蔣介石以後卻又被覺得判太輕，最終變成死刑加到16名、感化延長30多名的慘劇。
李禎祥也說，其中關鍵角色之一也包括時任國防部政治室主任的蔣經國，從檔案來看，蔣經國不只對軍監案知情也深入掌握，透過「細胞」向政工系統彙報、政工系統又向蔣經國報告，最終成了一齣血淋淋文字獄。
難友因歌唱《祖國萬歲》遭槍決 他再聽到這首歌竟是2008年北京奧運開幕式、8歲小女孩唱給全世界聽
回憶起前述綠島「再叛亂案」，如今高齡90歲的蔡焜霖出席研討會時，依然忘不了當年外省籍獄友、因為一首歌被處死的蔡炳紅：「蔡炳紅是當年跟我一起去扛石頭跟水的好朋友，那天扛完回來，他人就不見了……蔡炳紅的狀況甚至比我輕，如果他有罪，那我也有罪！」
「他們『叛亂』連一把刀、一架機關槍都沒有，只有幾本筆記、所謂匪書，他們（獄方）從菜園挖出來的東西就只有人民民主專政、無產階級專政這樣的書、筆記本、字條，這些東西可以叛亂嗎？不可能！我也抄過《社會進化史》做筆記的，我們當時不敢拿回來、藏在菜園或屋頂下面，這些事，我做過。」蔡焜霖說。
蔡焜霖說，就連獄友從戰俘學到的一首1950年中共建國歌曲《歌唱祖國》，都成了犯叛亂罪的證據、因此被處死，但後來最諷刺的是，他再次聽到這首歌是2008年北京奧運開幕儀式，一個8歲的小女孩在全球幾十億觀眾面前唱這首歌──「不知道大家聽到心情怎樣？但我燃起的就是，我朋友因為唱這首歌，變成他被處死的理由。」
「這樣犧牲的我親愛的朋友，就我所知，他們是非常純潔、陽光、有正義感的小孩……有些小孩拚命地在我們二戰結束從日本人變中國人的過程，很想學國語、求知欲望很盛、拚命地求，但被從國共內戰回來帶著滿身仇恨的領導者處死，這就是白色恐怖案的總結。」蔡焜霖說。
聽完新店軍監案、綠島「再叛亂案」的報告，蔡焜霖最沉痛的正是「當時被處死的年輕人，沒有一個有罪」，也對於背後主使者憤憤不平：「把沒有罪的人製造一個『再叛亂案』、把他處死的，就是有罪──蔣經國的責任一定要追究，不管是綠島再叛亂案還是整個白色恐怖，元凶就是蔣經國。」 （相關報導： 台大高材生流落山中吃餿食！30年前父親一席話，讓他看見「二二八青年」時代悲劇 ｜ 更多文章 ）
只因幾張字條就成為「叛亂」依據最終喪命之事，在綠島發生過、在新店發生過，這些「叛亂事證」在今日卻都成為相當稀鬆平常、誰也可以談論的事情，那麼當年犧牲的人，是為何而犧牲呢？「我們現在已經自由民主，很難得，我們很幸運。」同樣曾在綠島的張常美最後如此總結。這句話的重量，或許是自由世界的人們難以理解、卻也必須深深記得的。
本文部份內容來自李禎祥〈軍監殘酷物語：16人罹難的言論文字獄〉、林傳凱〈在火燒島鍊鋼，直到殞落──重探「綠島新生感訓處再叛亂案」（1953–1956）〉兩篇論文節錄，欲了解更完整內容與脈絡，請諮詢國家人權博物館（粉絲專頁）。
