在爭議聲中，歐晉德連夜閃辭高鐵董事長，並「看守」營運執行長到高鐵董事會選出新任執政長後離職。不論是交通部「逼退」歐晉德，或者是歐晉德將交通部一軍，在歐晉德同意「掛名」台北市長參選人連勝文競選顧問團總顧問那一刻開始，就應該做好辭職準備。
歐晉德是國民黨榮譽主席連戰在馬英九當選台北市長後，推荐給馬英九唯一的一件人事，歐任台北市副市長可謂盡心盡力，921震災時，他深夜指揮搶救東星大樓倒塌災民的身影深植人心；從納莉風災到SARS疫情危機處理，可以說哪裡有災難，他就到哪裡，這讓他的民意聲望居高不下。然而，他在馬英九市府團隊中，卻始終算不上「核心」，郝龍斌競選台北市長前，馬英九矚目的接棒人是另一位副市長葉金川，而不是歐。
2006年他離開此市府，先轉任高鐵任資深顧問再接執行長，當時，高鐵成為藍綠在國會拉鋸攻防的目標，外界視歐從「藍營」轉到「親綠企業」，某種程度也是高鐵企圖淡化政治色彩的做法；馬政府就任後，高鐵依舊巨大的財務黑洞，歐接任董事長，讓政府主導、幾乎接管的方式，順利簽下銀行團簽下高達3820億的聯貸案，化解高鐵財務危機，兩年不到就讓高鐵轉虧為盈。
歐晉德的「專業工程與救災」形象其實頗獲社會肯定，他與連戰交好是事實，但極少插手、插口政治或政黨事務，但是，不論他如何努力，馬英九的市政府（包括現在的高鐵）對他似乎都不全然掏心。馬政府認為他說的比做的好聽，其實能力沒這麼強；高鐵則視他為藍營「監軍」，特別是他董事長兼任CEO，就破了高鐵公司成立以來的公司治理規定。在這樣的處境下，歐能待在高鐵七年，已屬不易。
歐晉德答應連勝文出任市政顧問團總顧問，或許以為就是「口頭諮詢」，但是，歐晉德浸淫政壇多年，不會不了解台灣政治化愈益嚴重，而台北市長選舉永遠是藍綠選戰的標靶，此舉再一次讓高鐵陷入藍綠撕扯而不可自拔，這對漸上軌道的高鐵而言，絕非好事。
高鐵自前總統李登輝時代開始，就是備受矚目的重大工程，也是政府推動BOT的指標案件，或許因為龐大的利益，從規畫開始迄今，三任總統十六年，高鐵就是擺脫不了政治的牽絆和干擾。
歐晉德請辭，給高鐵和交通部一個重新安排的機會，唯此安排在可能政黨三輪替的兩年後，會不會再生政治爭議，還是很難讓人樂觀。高鐵不是國民黨的高鐵，不是民進黨的高鐵，而是全民的高鐵，國家的高鐵，歐晉德既辭，拜託藍綠政黨就都放了高鐵一馬吧。
