總統馬英九執政以來，為緩和兩岸關係，中科院研發多項具有「境外作戰」的武器裝備都被「暫時性的凍結」，除了中科院研發準備量產的雲峰中程飛彈喊停之外，由IDF戰機掛載，射程200公里的「萬劍彈」，2015年起量產數量也被大砍2/3；加上雄二E增程型的巡弋飛彈也是只研發不量產，被質疑有違提昇國防自主發展能力的政策。
據指出，空軍在2015年以代號「神斧專案」，採購由中科院研發並完成作戰測評的「萬劍彈」；萬劍彈全名為「萬劍遙攻精準武器系統」，是由IDF戰機掛載，射程約200公里，具遠距遙攻能力，都是在敵方防空武器射程距離外發射，抵達目標上空後再散佈內裝百枚的子母彈頭，達到癱瘓敵人重要軍事、交通設施之目的，功能與美軍的現役AGM-154聯合遙攻武器（JSOW）性能相同。
IDF搭萬劍彈 海峽中線以東可攻中國目標
立委林郁方曾對中科院研發的「萬劍彈聯合遙攻武器」讚譽有佳。萬劍彈具有遠距遙攻能力，空軍IDF戰機只要飛在海峽中線以東，其攻擊的範圍就涵蓋中國大陸東南沿岸機場跑道等軍事目標，對於部隊集結區、港口裝卸區、飛彈及雷達陣地等，都具有極大的殺傷力，萬劍彈的量產服役，將大幅提升空軍對中國大陸東南沿海軍事目標執行「遠距制壓作戰」和「防空制壓作戰」的能量，因此被歸為攻擊性的武器裝備。
軍方人士指出，就因為具有境外作戰能力，空軍全部127架IDF戰機都將具備發射「萬劍遙攻武器系統」的能力。但受限於目前兩岸關係的和緩，配合127架IDF戰機，原計畫萬劍彈需要的數量要超過百枚以上，但實際的量產數量卻被大砍2/3，這讓原先規劃的人員相當訝異。
增程型雄二E巡弋飛彈 研發進度被迫延緩
據指出，代號「戟隼專案」編列346億餘元預算，量產射程超過600公里的雄二E巡弋飛彈，原計畫在量產過程中，持續研發增程型雄二E巡弋飛彈，經過提昇巡弋飛彈使用的渦輪扇發動機效能，並將許多內部組件微量化，增程型的雄二E巡弋飛彈射程超過800公里，並已通過飛行測試。
知情人士指出，為配合增程型雄二E巡弋飛彈納入量產計劃中，機動部署的飛彈發射箱，也一改過去外界認知的類似愛國者或雄二反艦飛彈的方型發射箱，改成為圓型的發射箱。
該名人士表示，但是該計畫正準備進入最後作戰測評階段時，卻被指示放慢研發進度，使得射程超過800公里的雄二E巡弋飛彈不會納入「戟隼專案」的量產計畫中。這讓內部質疑增程型的雄二E巡弋飛彈的下場，是否如同雲峰中程飛彈一樣，在作戰測評成功後，因壓力讓量產計畫喊卡。
