國訓中心改制為行政法人後，其運作經費多由體育署或運動發展基金補助。經《國會無雙沃草》（Watchout TW）獨家蒐集資料發現，光是2015年下半年，國訓中心就獲得超過6億元的經費補助，但預算如何使用卻不受立法院監督，形同黑機關，並發現國訓中心曾於去年花費36萬元添購「電腦點歌機及視聽設備」，國訓中心於下午做出回應，並強調一切依法行事，絕對經得起考驗。
過去國家運動訓練中心（國訓中心）是由教育部體育署管理，相關預算都需經過立法院教育文化委員會審查；在2015年1月1日改制為行政法人後，其預算雖然仍是由教育部或是政府的運動發展基金所補助，但卻不再直接受到立法院監督，雖能有較自由的人事聘用制度，但恐也讓國訓中心成了不透明、不易課責的「黑機關」。
針對「36萬買卡拉OK」部分，國訓中心解釋，舊有設備使用7年，已逾使用年限，沒有新歌、音響效果不佳，也讓培訓選手、教練有所抱怨，因此在2015年更新相關設備，旨在照顧中心培訓選手、教練之娛樂需求。由於培訓隊選手、教練長期留在中心，進行繁重且嚴格的訓練，鮮少外出，添購KTV、卡拉OK及音響設備，提供教練及選手休息活動及舒解身心壓力之需，更可提供娛樂慶生及代表隊聯誼之用，減少選手、教練離開營區，交通等各方面的維安風險，進而影響培訓及參賽成績。
理應作為運動人員後盾的國訓中心，卻時常傳出對選手苛刻的負面消息。今年5月時遭時代力量立委黃國昌踢爆，排球國手每月只領9500元後，隔日體育署即替國訓中心發新聞稿澄清，表示每月除了6000元零用金和3500元交通費外，還有「價值相當」1萬6500元的免費食宿，此澄清稿反倒替國訓中心證明了「選手每月僅有9500元」的事實。 （相關報導： 觀點投書：體育經費預算分配也需改革 ｜ 更多文章 ）
位於左營的國訓中心在中秋連假莫蘭蒂颱風後，又傳出財損2000萬，據看過現場人士表示，許多災損恐為「偷工減料」或「設計不當」所造成，應該全面檢視。這風災也讓「修整」了15年的國訓中心整建計畫，完工日期恐又是遙遙無期。
