討論發生於戒嚴時代的白色恐怖，直到今天在台灣還是一個高度敏感和複雜的問題。尤其是來自不同黨派的政治人物，也是竭盡所能消費或曲解白色恐怖的歷史，操弄意識形態的認同來換取政壇上的利益。來自民進黨、時代力量、台灣團結聯盟、建國黨或者自由台灣黨等所謂「本土勢力」，將白色恐怖形容為「外來政權」對「本土精英」的單方面屠殺。
在這套「獨派」的論述中，以國民黨為代表的「外來政權」就如同1940年到1945年侵占法國的納粹德國一樣，是以佔領軍的姿態實施恐怖的「異族統治」。所有白色恐怖的受害者，都是受過良好教育，擁有優秀品德，一心為國為民的台籍菁英。而且透過研究白色恐怖的歷史，這些獨派的結論都會導引到台灣必須成為一個與中國互不隸屬的主權獨立國家。
可就如同法國抵抗運動史一般的虛無，本土史觀下的白色恐怖史經不起考驗之處有太多太多。首先受害者並非全部都是本土精英，而且在比例上來看其實是外省人居多。其次則是受害者的政治信仰也並不盡然都主張台獨，他們當中為數不少其實正是「外來黨國體制」的支持者，甚至還有很多其實是主張台灣應早日「回歸祖國」的「紅色統派份子」。
理所當然，在戒嚴時代被槍斃的許多人當中，也有真的替中國共產黨服務的匪諜，或者所謂地下黨存在。於是在台灣支持國民黨的人，又認為當年白色恐怖是為了肅清中共的「必要之舉」，屬於「大時代的無奈」，試圖為兩蔣父子統治下情治機構種種迫害人權的行為辯護。還有一些認同中共的藍營人士，認為「白色恐怖」是在清除島內分離主義者，以確保中國領土主權的完整。
至於當年真正信奉共產主義的「老紅帽」，基本上是在台灣完全「失去話語權」的一批人。白色恐怖的話語權，完全被其實與白色恐怖沒有太多直接關聯的民進黨所搶奪過去，讓主張統一的他們不得不與過去迫害他們的國民黨站到一起對抗獨派。他們自然是以「真正的白色恐怖受害者」自居，但是卻也有自己的盲點，始終不願意面對「紅色恐怖」更勝於「白色恐怖」的歷史事實。
整體而言，白色恐怖下的受害者是各種省籍（如果把被中華民國海軍截獲的蘇聯、波蘭與英國船員，乃至於被誣陷為「馬共」的僑生算進來，其實還有國籍之分），各種意識形態和國家認同的人都有。把他們通通排列出來的話，幾乎可以在找到今天存在於台灣社會上各種不同的顏色光譜。這是一個過去不曾有人認真探討，也很難好好探討的問題。
千秋功過桂永清
要討論白色恐怖時代的國家認同，筆者認為海軍白色恐怖案是一個最好的出發點。因為狹義的白色恐怖案，是以海軍總司令桂永清主導下，發生於1949年到1954年以海軍官兵為目標的政治肅清。一般人認為，這是以桂永清為代表的陸軍勢力與以魏濟民為代表的馬尾海軍勢力之間的派系鬥爭，導致大量無辜將士和官校學生的犧牲。 （相關報導： 許劍虹觀點：B-25重創蒙古鐵騎，「飛虎教官」憶抗戰 ｜ 更多文章 ）
廣義來看的話，海軍官兵成為政治犯或思想犯的狀況，直到1991年廢止動員戡亂以前都還持續發生，所以可以看到不同時期政治犯或思想犯在意識形態上的變化。1955年以前海軍的組成是以外省人為主，被整肅者以廣義上的「統派」為主，同時包括支持中華民國統一大陸的「藍統」與支持中華人民共和國統一台灣的「紅統」。
