由於台灣並非聯合國會員國，亦非1982年《聯合國海洋法公約》締約方，因此無法受邀出席，但外交部敦請我太平洋友邦吐瓦魯，並在代表團中夾帶兩名台灣海洋方面的法律顧問出席，實質並有意義地參與BBNJ的談判內容，掌握談判進度並提供台灣相關部會（外交部、海委會、漁業署等單位）參考。
BBNJ會議主要內容
比較目前已召開的兩次會議，BBNJ談判過程中主要涉及下列5大問題：
一、海洋遺傳資源：對海洋遺傳資源的法律屬性，已開發國家主張適用公海自由原則，也就是視之為「公有物」；但發展中國家則主張適用「人類共同繼承財產」（common heritage of mankind）；另有一些國家例如南非在尋找第三條道路，提出在公海適用公海自由原則，在國際海底區域則適用「人類共同繼承財產」。不過，與會者趨於一致的立場是，BBNJ不適用於以魚類作為商品加以利用的情形，至於是否在文件當中將此文字明確寫出，則仍有不同意見。
二、海洋保護區的劃區管理工具：核心問題是BBNJ國際協定有關海洋保護區的制度安排與現有的一些法律文書和機制之間的關係，主要有三種觀點：一是全球框架，新的國際文書可以直接設立海洋保護區，制定全球標準和指南，要求區域或者是部門性的機構參考和遵守；二是區域主導，新的國際文書僅制定一些標準和指南，不能對現有的區域和部門機構發號施令；三是混合模式，即海洋保護區主要由區域或部門機構來設立和管理，但新的國際文書可以對區域或部門機構進行全球的監督。不過，目前與會者傾向在BBNJ項下設立一個機構，處理與包括海洋保護區在內的劃區管理工具有關的事項。
三、環境影響評估：各方已一致同意，以《聯合國海洋法公約》第204至206條（監測和環境評估）為基礎，設計有關影響環境評價的制度安排，但主要問題是環評由誰來主導？環評之後是否允許開展相關海洋活動的最終決策權又屬於誰？有觀點強調國家來決策和主導？也有觀點主張由全球性的機構來審查和決策。另外在國家管轄範圍內進行可能造成海洋環境嚴重污染或重大和有害變化的活動，開始對環境影響評估的義務，這也會影響到國家管轄範圍外區域。
四、能力建設和海洋技術轉讓：目前討論較多的是促進資訊交流和分享，如何在BBNJ國際協定建立類似1992年《生物多樣性公約》和政府間海洋學委員會的相關制度和安排。目前達成共識的觀點包括，能力建構和海洋技術轉讓應以需求為基礎，並由國家推動。
五、其他跨領域（交叉）問題：首先是決策機構，普遍傾向是在BBNJ底下以締約方會議形式，設立一個全球決策機構，就BBNJ所列由此類機構履行的某些職能；另外，也傾向需要一個科學和（或）技術機構或論壇，並建立一個資訊交換中心，至於採用和平手段解決爭端並沒有問題，但是否要仿效《聯合國海洋法公約》或《聯合國魚類種群協定》規定的爭端解決程序，各國代表意見不一。
