在我國護漁船艦抵達日本沖之鳥附近海域之際，新舊任政府不約而同釋出希望台日雙方尋求外交協商解決的訊息。涉外人士透露，沖之鳥爭議不宜持續僵持惡化，而今年初日本沖繩漁民要求限縮《台日漁業協議》適用範圍，沖之鳥爭議若升高為外交衝突，恐迫使日方在後續漁業委員會的協商上採取更強硬立場。
我國漁民在沖之鳥附近海域遭扣押，引發全國激憤。府院更在第一時間升高抗議立場，譴責日本違法擴權。而在卸任前民望頗高的行政院長張善政，在事件發生以來屢屢發表譴責日本言論，贏得不少民眾喝采。
張善政除了在第一時間指沖之鳥「只有3塊榻榻米大」，「用膝蓋想也知道不能叫島」，輿論一致認為是「有感發言」。後續張善政一連串發言更直接向日本喊話，指「台灣民眾這麼喜歡你們的產品， 地震時我們捐了這麼多錢，結果你們現在用船來傷害我們民眾的感情？」更將沖之鳥爭議和台灣民眾在311日本核災的踴躍捐輸做連結，外交系統私下卻直言不妥。
而在出席公開活動回應媒體詢問時，張善政表示，台灣政府不可能發動抵制日本產品，但他要「提醒」日方，此事件可能影響民眾對日本的感情，包括是否支持政府開放福島以外4縣核災地區的食品進口，還有影響民眾去消費日本食品的意願。
雖然是回答媒體假設性提問，但張善政將日本核災地區商品解禁一事，與沖之鳥爭議相提並論，外交人士持反對立場。涉日外交官員表示，在處理沖之鳥爭議過程中，外交部一直尋求透過協商，尋求該海域漁權問題的解決之道；我方並無意將沖之鳥爭議和日本災區商品解禁掛鉤處理，類似發言可能導致日方不當解讀，導致事件持續升高。 （相關報導： 未先外交斡旋即升高爭議 馬英九主導強硬處理沖之鳥事件 ｜ 更多文章 ）
外交人士更提醒，今年的台日漁業委員會已在3月結束；雖然會中並未處理沖繩漁民要求限縮《台日漁業協議》適用範圍的問題，但鑑於日本漁民持續表達意願，並未排除未來雙方必須進行協商；若我方在沖之鳥爭議上堅持強硬立場，將使《台日漁業協議》後續制度化協商受到影響，甚至導致日本以協議適用範圍做為協商籌碼，將使《台日漁業協議》簽署以來的成效面臨挑戰。
