去年底以來，行政院陸續對財劃法、眷改條例、黨產條例、立法院組織法、台灣兒少成長及未來帳戶條例，以及衛廣法、有線廣播電視法、廣播電視法等8項三讀法案不予副署。行政院認為相關法案涉及違憲、財政紀律等問題，在野黨則要求補行副署，並將此列為預算解凍條件。

卓榮泰表示，現行制度下，行政院長是由總統直接任命，假如總統希望公布法案，行政院長卻決定不副署，總統可以立即更換閣揆，交由新任院長副署。他認為，府院意見不同時，應透過討論處理，而不是靠副署權制衡總統，並反問：「你用副署權來制衡總統，制衡得了嗎？明天還是被換掉。」

對於不副署的理由，卓榮泰主張，總統沒有否決權，也沒有主動解散國會的權力，因此當立法院通過行政部門認為違憲、破壞財政紀律、危害國家主權安全，甚至侵犯統帥權的法案時，行政院長必須透過不副署，輔助總統維護憲政秩序。

這波爭議涉及任教於英國華瑞克大學法學院的郭銘松，9月2日在國際公法平台「I·CONnect」發表的文章。郭銘松指出，副署制度原本是針對總統，而非國會；他也提到，1997年修憲讓總統得以直接任免行政院長後，副署制度的制衡作用已大幅減弱，但不應因此轉為行政部門否決國會立法、且國會無從推翻的「超級行政否決權」。

依《憲法》第37條，總統公布法律、發布命令，須經行政院長，或行政院長及有關部會首長副署；《憲法增修條文》第3條則規定，行政院對窒礙難行的法律案等，可經總統核可提出覆議，但若全體立委二分之一以上決議維持原案，行政院長應即接受該決議。郭銘松據此認為，不應把拒絕副署解釋為行政部門可單方面封殺法案的權力。

針對立法院凍結他9月至12月薪資，並將副署法案列為解凍條件之一，卓榮泰援引《憲法》第72條所定，總統應於收到立法院通過的法律案後10天內公布，主張相關期限既已經過，就無法再補行副署。他認為，將已無法完成的副署列為解凍條件，等同讓預算無法解凍，這類不能成就的條件應視為無條件。

卓榮泰表示，若因薪資被凍結就向立法院低頭，未來其他政府首長也可能面臨相同情況，因此他必須堅持，法定待遇應依法支出，不應被刪減或凍結。他希望社會持續關注此事，至於自己如何面對，則表示會回家多做一些家事。

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