首爾市政府引以為傲的清溪川政績，在生態環境方面也引發不少質疑。目前的清溪川是首爾市民的休憩空間，也具備冷卻都市熱島的功能，的確是不爭的事實。
復原後的清溪川上游是城市公園，有許多人工的痕跡，下游則接近自然河川的原貌。然而，清溪川原本是一條自然河川，首爾市政府卻以抽水馬達引漢江水入清溪川，這種做法是否能稱為完整的復原也引發爭論。也有分析指出，清溪川多樣的魚種並非生態復原的成果，而是首爾市政府採購魚隻放流的結果。
事實上，清溪川本身的水量其實相當不足，當局只好抽取漢江的水與地下水送到清溪廣場；而這部分的電費就占了清溪川每年管理維護費用的22%。此外，由於清溪川是人工河，不具有自然河川的自淨能力，可能會發生藻華現象與大腸桿菌檢驗超標的問題，因此有必要另外管理。這就是為什麼清溪川的管理費用林林總總加起來，每年高達80億到100億韓圓不等，其中還包含了人事費、清潔費、警衛勞務費、土木與造景設施維護管理費用等。
