雙十國慶日，台灣前年才下水的海洋研究船海研五號在澎湖外海觸礁沉沒，兩人死亡、數十人傷。「海五」出事時偏離航道，當時正由大副當班。海軍、海巡搶救時被風浪阻擋，眼看著人一個個被浪打下海。
今年台灣雙十國慶並不令人歡喜，不少人心裏罩著烏雲，黑心油禁了又來，七月發生復興航空空難的澎湖，十月十日又驚傳船難。海洋研究船「海研五號」在湖西鄉龍門外海四點六海里處沉沒，落海四十五人全數在第一時間尋獲，但二名研究人員罹難、二十五人輕重傷。
這宗台灣海研史上最重大事故震驚各界，海軍出動兩艘艦艇、海巡署出動四艘巡防艇及四架直升機馳往救援，但因海象惡劣，受「黃蜂」颱風外圍環流影響，救援船隻難以靠近，幾乎是跟風浪搏鬥，搶救工作一再受阻。
這艘二千九百六十七噸級的海研五號隸屬於科技部國家實驗研究院，前年八月才下水，是目前台灣次大噸位研究船，僅次於中華民國海軍大氣海洋局所屬達觀艦海洋研究船，全船由台灣設計建造，造價十四點六億新台幣（約五千萬美元），有四十五名船員、二十名研究員，這次不幸不僅船隻報銷，也是學術上的重大損失。
海研五號此次出海是為了探測大氣污染，研究團隊涵蓋多個學術機構，包括海洋大學、中央研究院、陽明大學、雲林科技大學、成功大學、台灣檢驗科技、國研院颱洪中心，由央研院環境變遷研究中心研究員許世傑擔任領隊，以台灣北部海域為範圍，從九日至十六日進行八天的探測作業。
這次船難疑點重重，究竟是人為操作不良或天候因素，正由相關部會及學者專家組成的十二人小組進行調查，預定兩週後做出初步調查報告，目前跡象指向人為疏失。
根據媒體報道，海研五號第一時間撞到的是澎湖「外淺石」礁岩，而非先前傳出的查母嶼附近，關鍵在於偏離航道，且當時是大副當班，並非船長黃余發開船。一名黃姓網友指出﹕「本月十日，農曆十七日，正值大潮，海流相當強勁達五節以上，可能海研五號當值船副疏於定位，以致船舶位置偏離航線觸礁，機艙大量湧入海水，導致沉船。」
研究船九日上午九點從台南安平出發，一路風平浪靜，後來海況不佳，最大風浪增強到七至八級，雖是「海五」可能承受的範圍，但臨時決定提前折返，卻在返航途中發生意外。
航港局局長祁文中指出，澎湖港務局訊號台十日下午五時三十六分接獲「海五」求救訊號，隨即出動海鷗直升機和一百噸巡防艇等九艘艦艇前往救援，搶救過程一再被風浪阻擋，眼看著人一個個被大浪打下海。
千鈞一髮之際，四十七歲的許世傑奮不顧身救人，當時右舷船艙進水，船後半部漸下沉，人員全聚在甲板待援，這時許隻身擋在前面形成一堵牆，不讓學員落海，待二十五名學員逃生後自己卻不幸力竭溺斃。
當下被救起的學員許家綸回憶，許世傑確定每位學員都上了救生艇或跳船之後，才最後一個跳進海裏，也許是之前保護學員耗費太多體力，獲救時已陷入昏迷，緊急送醫仍不治。
國研院長羅清華十二日表示，他在第一時間接獲同仁回報，聽到「咚、咚」兩聲巨響，就發現船已進水，且水勢強大。有船員指出，船艙是在破洞後開始進水，接著失去動力。
輪機長許祖雄則表示，船隻突然失去動力，相當不尋常，他立即詢問機艙人員，此時船艙已湧進海水，緊急向船長報告，並試圖關上密閉艙隔間已經來不及。對於這突如其來的意外，資歷三十年以上的他當場也無法判斷真正進水原因。
外傳海研五號是因觸礁沉沒，五十六歲的黃余發否認這個說法。他說，海圖顯示該區域二海里範圍內水深都至少二十米，應可安全通過，除非有未標示出的暗礁。但他可能不知道當時船已偏離航道，此一致命的疏失，讓這艘大型研究船漸漸步上「鐵達尼」後塵。
海研五號配有「黑盒子」（VDR），記錄航行、機艙、安全參數以及駕駛台通訊和雷達資料，潛水人員將在天氣回穩後，出海打撈，以釐清海難原因。
外界對造價高昂的海研五號如此經不起風浪襲擊感到不解。台灣大學工程科學及海洋工程學系教授林輝政指出，一般研究船壽命至少三十年，「海五」船齡只有兩年，機械故障可能性不高，船上配備最先進的聲納設備，可偵測海底地形，不太可能觸礁，就算當時是八級風，對「海五」這種大船也不構成威脅。
「海五」船難被形容是台灣版「鐵達尼號」。林輝政指出，鐵達尼是因為整艘船身直接被冰山劃破，船裂成兩半，導致船艙進水沉沒，但「海五」這種大型先進船隻具有橫隔艙壁設計，除非船艙進水超過安全上限，否則就算是小範圍觸礁也不至於沉沒。
至於船艙進水時間，外界有不同議論。有媒體質疑根據船隻每十五分鐘要定時回報船上監視畫面時，當天下午兩點多就疑似有機艙進水。但黃余發說他是在下午五點多接到輪機長報告說機艙進水。另一死者國研院海洋科技中心研究員林怡君的母親林媽媽則質疑既然五點多就知道有漏水，就應該叫大家趕快逃生，為何等到八點多才喊疏散。
船難原因眾說紛紜，有傳指事故是因為「海五」是新船長的緣故，科技部長張善政澄清說，今年三月就任的黃余發曾在長榮旗下貨輪擔任船長，經驗豐富，不是新船長。國研院進一步指出，黃過去擔任過建和、祥和等多艘大型船船長，首次上「海五」的時間是今年三月一日，已駕駛過十幾次，到菲律賓附近、曾母暗沙等海域做研究，似在反駁外界所指的人為肇禍。
對於出海時機的問題，黃余發接受媒體訪問表示，他曾建議海象不佳，不宜出海，但未獲「研究員」採納，至於是哪位「研究員」，他不願說明。但海洋大學校長張清風以該校的「海研二號」為例，指能不能出海開船，全由船長一人決定，並非共識決。
羅清華呼應黃余發的說法，依照慣例，「海五」出海並非船長說了算。他說，船期由海科中心排定，但是否出海，船長行前要跟首席科學家開會討論，兩人會根據海象資料共同決議是否即刻開船，而這次「海五」的首席科學家即是遇難的許世傑。他認為，以當時海象風速六到七級、海浪四米，這項決策其實是合理的。
為了監測大氣污染，海研五號也曾遭日艦驅趕。今年三月二十九日「海五」在日本宮古島附近的台、日經濟重疊海域從事探測時，遭日方海巡船緊隨、驅離，「海五」為避免爭端，隨即駛離，續往下一站東行，不料日方飛機緊迫釘人，又來逼「海五」離開。由於「台日漁業協議」的適用範圍並未包含研究用船舶，台灣方面並未向日方表達抗議。
台灣政府財政困窘，研究經費能省則省，甚至省到連造價高昂的海研五號十八名船員都是委外經營，顯得有些離譜。外界質疑此舉間接造成此次海難。張清風直言，「海五」的船長、輪機長、機組人員都採外包，並不妥適，為了節省人事費用，可能會造成螺絲鬆垮，得不償失。但張善政澄清表示，以委外方式辦理船務操作是基於專業分工，並不是要省錢。
