針對立院正副院長改選議題，總統當選人蔡英文在18日出刊的《壹週刊》專訪中表示，「尊重黨團自主性，沒有支持特定對象，對人選也毫無想法」，蔡還強調立院運作，絕非黨主席或總統可以主導，雖然她和很多委員都有深厚情感，仍不足於指定誰角逐立院龍頭，「必須尊重委員的共識，沒有指定誰來做。」
多位黨籍立委表示，如真落實蔡專訪中提及的「黨團自主」，在黨內新系、蘇系力挺民進黨立院黨團總召集人柯建銘，柯也可望拿到扁游系及部分謝系選票態勢下，柯成為立院新龍頭機會不小。
惟據透露，黨內英系人物在黨內選後的內部核心會議上，主張未來立院應由總幹事蘇嘉全及黨籍嘉義縣立委陳明文擔任正副龍頭，讓柯續任總召，但相關意見，並未得到共識。
據了解，蔡是在17日上午，接受《壹週刊》高層電訪，針對立院正副院長改選，蔡表示，「尊重黨團自主」，蔡在專訪中還說，立院運作比行政部門複雜，立委自主性高，絕非黨主席、甚至總統可以主導，立法院長的條件，如要讓議事順暢，確保黨團和諧。
蔡還說，立院要走向新的時代，也該加入新的元素，這都跟人有關，「舊人有舊人的好處，新人也有新人的好處，但也不代表分要新人不可」，「舊人在適當配合下，也可能會有新的元素產生。」
蔡英文在專訪中還提到，對誰當國會龍頭，她沒有預設立場，因為區域立委有地方色彩，黨中央必須尊重他們的自主性，國民黨執政8年，委員的自主性被抹煞，這是國民黨最失敗的地方，也是政局混亂的原因。
蔡還說，雖然她和很多委員都有深厚情感，仍不足於指定誰角逐立院龍頭，「必須尊重委員的共識，沒有指定誰來做」。對誰任立院龍頭，她沒有想法。
