高雄市政府不滿由國民黨團署名的電視廣告，內容惡意指控高市府縱放日月光污染事件，於11日在高市府網站發布新聞稿駁斥，文中指出，日月光二審判決無罪，關鍵在於行政院環保署的函釋「本案不適用廢棄物清理法」所致，而高市府環保局更積極配合檢方提出上訴，對於國民黨團的抹黑廣告，市府將提出告訴。
高雄市政府環保局指出，日月光二審判決之所以無罪，是因為二審法官依行政院環保署函釋「本案不適用廢棄物清理法」，使得日月光得以不符合罪責而脫罪，與環保局舉證無關，且環保局舉證充分，坊間所謂「因舉證不足造成二審無罪」，根本是為了模糊焦點，企圖掩蓋環保署函釋的事實。
環保局說，二審判決出來後，環保局與地檢署就判決內容進行討論，對於判決中法律見解不當及法院未加以審酌的事實部份，環保局亦主動再提供補充調查結果與報告，協助地檢署提出上訴。
文中還說，高雄市政府對日月光處以最重的停工處分，也引用行政罰法加重處罰1億900萬元的不法利得，另外，也要求日月光公司董事長張虔生上環境教育課程8小時，因此，環保局認為，已經在行政法得以授權範圍內盡該案應有的處理程序。
