總統馬英九在馬習會中主動提出中國對台飛彈部署及軍演等議題，我方質疑對方並未明確正面回應。據與會者透露，馬英九提出此議題，強調兩岸「降低敵對狀態」的重要性，並舉行「金門砲彈變菜刀」的例子，中國國家主席習近平當場回應，他對此「非常有感觸」，降低敵對狀態的具體行動，「你們等著看」。
在馬習會前的國際記者會上，馬英九公開承諾「該說的都會表達」，將會提出對台飛彈威脅等安全議題。而在閉門會晤中，馬英九也果然在雙方協調的議題之外，主動提出對台飛彈部署與朱日和軍事演習等議題。
降低敵對狀態 我方主張循序漸進
事實上，雖然飛彈議題是臨時主動提出，但雙方在磋商會晤議題時已經確定，會晤中將討論降低敵對狀態一事。據與會者透露，針對敵對狀態一事，對岸原本主張應直接討論「結束」敵對狀態；但我方認為，結束敵對狀態牽涉建立軍事互信機制，涉及範圍太多太廣，影響也太大，主張循序漸進，從「降低」敵對狀態著手做起。
在閉門晤談中，馬英九主動提出對台飛彈部署及軍演，不僅是在野黨抨擊兩岸關係的「口實」，同時也強調安全與尊嚴是台灣人民十分關切的議題。馬英九並舉「金門砲彈變菜刀」之例，強調兩岸鑄劍為犁，將能創造兩岸人民福利。
馬英九要求 習近平當面允諾
據與會者還原，馬英九在後續對談中直接要求對岸針對兩岸「降低」敵對狀態一事採取具體作為，習近平在回應時當面允諾，「你們等著看」。
金門砲彈變菜刀 習近平很有感觸
等著「看」什麼？習近平在會中並沒有具體說明，但他意有所指地表示，「砲彈變菜刀」的事例「讓他很有感觸」，他自己在廈門市長任內時，廈門與金門的軍事禁區隔海相望，在廈門這一側的禁區，雖然他的市長座車能夠自由進出，但一般民眾卻不能進入；後來金廈兩門成為兩岸觀光熱點，變得非常繁榮，兩地民眾也直接受惠。我方與會人員研判，此話或許是暗示對方初步具體行動應朝沿海軍事禁區的空間解禁思考。 （相關報導： 國台辦消極 習近平下令：馬習會辦不成就人頭落地 ｜ 更多文章 ）
台灣參與國際 習近平保留
在提出安全議題的同時，馬英九也提出外交和國際參與；據轉述，習近平當場的可否回應十分明確。針對台灣參與亞投行一事，習近平當場表示，台灣應該「優先」加入，相關問題應很快解決；但針對國際參與，包括有意義參與國際活動，以及民間參與NGO名稱及遭打壓等問題，習近平則顯得態度保留，環顧身旁的王滬寧、楊潔篪之後僅淡然表示，相關問題要「逐步處理」。
