台聯29日晚間發出新聞稿，指台聯下午與基進側翼活動讓台北市長柯文哲陷入輔選爭議，是李登輝辦公室改變規劃，還批評該行程曾行文李辦，但李辦主任王燕軍竟稱不知李登輝要見柯文哲？王燕軍晚間則反擊，指他到李辦任職以來，台聯要找前總統李登輝，都是面呈、託人代轉給李，從未透過辦公室或基金會。
王燕軍還說，他也不清楚下午行程，台聯和柯辦到底如何聯絡？但現場所有媒體都清楚，李辦是從記者要求訪問的立場去跟媒體溝通，在下午3點前，規劃在飯店地下二樓會場門口，讓李受訪，但台聯副秘書長周美里，稱跟柯文哲辦公室協調好，要求讓記者在李休息的房內，但這違背先前說的不公開原則，周還和李辦人員發生爭執，後來是周美里進入休息室跟李登輝報告，說要帶記者進來，李答應，然後周美里衝出去說，「記者都進來，總統都答應了。」事實上，王燕軍當場還約束動氣的李辦人員，尊重主辦單位台聯，不要有情緒。
台北市府方面則證實，力邀柯今天到場的最後關鍵，是前國安會副秘書長張榮豐。
王燕軍：台聯都是直接跟李登輝溝通 從不通過辦公室
王燕軍表示，到李辦、基金會任職，李登輝就清楚交代，台聯的事情，會自己處理，不用他管，所以都按原來模式，台聯都是直接跟李登輝溝通，李有交辦，他就去做，一切以李交辦為主。而從他到李辦任職來，台聯沒一份給李的文件是透過辦公室、基金會，都是面交、請人代轉。
王燕軍說，這次記者會，也許之前有送邀請到官邸，但他確實不知，因為李登輝並未要求排入行程，反而是他在前兩天，從報上看到資訊，去官邸去了解，才知道有這個行程，他也知道很多媒體會來採訪，所以上午就擬了媒體可能提問的回應稿給李登輝，也陪李登輝出席。事實上，他準備的媒體詢答，都是替台聯宣傳，李的發言可以為證。
柯文哲人員詢問：李登輝說有事找柯文哲？
王燕軍強調，他認為這個活動，是台聯開枝散葉好的開始，他從頭到尾都維護台聯利益，但他不清楚台聯和柯文哲是如何協調？事實上，近下午3點時，柯文哲的隨行人員在現場問他，「總統有何事要交代？請跟我們說？」還說，因為李登輝說有事找柯文哲，所以柯很慎重，特別改了行程前來，但柯必須在3點前離開，柯辦的說法，讓他很訝異，他確實也不知道是否真有李有事要找柯的情事，所以他才一度打斷現場對話，去跟李報告。 （相關報導： 「被台聯設計」，柯文哲與李登輝私下會面變輔選行程 ｜ 更多文章 ）
對於台聯質疑他違背國安專業，王燕軍也說，他雖是國安隨扈出身，但不再其位、不謀其政，「請他們不要誤會，不是我當辦公室主任就可以指揮所有人。」他從不干預保護李的國安隨扈工作，陪李出席，協助李回答媒體，這是他的工作，但他沒理由去幫安全人員維持安全，事實上，也沒理由協助台聯，「我只準備總統講稿應對，讓總統準點出去，剩下安全工作是安全人員的事情。」台聯說他失職，他有意見，這是台聯誤會，下午活動，台聯從未將文件、節目內容先交給李登輝辦公室。
