站在現實政治運作上，黨團協商不可或缺，廢除黨團協商只是將協商地下化，衍生的問題只會更多。沒有黨團協商也意味著，多數政黨完全可以予取予求，少數政黨為了抵抗而打架、杯葛，主張廢除者是否可接受這樣的結果？
如果行使權力必須以法律為基礎，當檢討黨團協商時，沒有先釐清制度上爭議，就無法明確指出個人應在何種層次上負責，從而演變為針對個人式的攻擊或辯護，事實上皆無助於改善黨團協商制度。
黨團協商職權內涵
有關黨團協商的職權與基本運作程序，主要規定於〈立法院職權行使法〉中。例如：第68條第1項，明訂黨團協商是「為協商議案或解決爭議事項」；第70條第4項，應「由秘書長派員支援，全程錄影、錄音、記錄，併同協商結論，刊登公報」；第70條第5項，「協商結論如與審查會之決議或原提案條文有明顯差異時，應由提出修正之黨團或提案委員，以書面附具條文及立法理由，併同協商結論，刊登公報」。
〈立法院議事規則〉第9條亦有規定，若臨時提案為具有時效性之重大事項，可經黨團協商同意後交院會處理。同法第20條第2項，黨團協商得合併若干日之院會為一次會議。另外〈立法院各委員會組織法〉第10條之1訂定，「各委員會於議案審查完畢後，應就該議案應否交由黨團協商，予以議決」。
從以上的法規中，可暫時將黨團協商的職權分為「協商審議權」及「協商爭議權」。前者屬於議事程序中的一環，近似於議案審議權。當委員會審查議案完畢（或著二讀時被拉下協商）後，討論所交付協商的議案。後者則為處理相關爭議性事項之權限。
界線不清的協商審議權
2007年立法院修正〈公職人員財產申報法〉第6條第2項，原本總統、副總統、五院院長、立法委員、省市議員等，應定期將申報資料刊登政府公報並上網公告，修法時卻拿掉了「省市議員」。但當時任何的修法版本都沒有修正此條，甚至委員會中也沒有修正動議，就在黨團協商之後天外飛來一筆。
2013年掀起軒然大波的〈會計法〉第99之1條烏龍修正案，原審查會所通過之條文，與經黨團協商三讀後的條文差異甚大。第99之1條第2項，各民意機關支用之研究費等除罪化，從「98年6月30日」延長至「99年12月31日。又於同項後段增列不追究各大專院校職員，相關報支經費之民事與刑事責任。以及新增第99之1條第3項的例外條款。
第八屆立委最後一個會期開議後首週，原本〈就業服務法〉於社福衛環委員會審議時，原已決議移工每三年需出國一次的「三年條款」刪除，該項條款無論是在民間團體、學界等都已普遍認為，僅圖利仲介卻壓榨外勞，卻在黨團協商遭到翻案，仍然保留「三年條款」。
