課綱微調召集人、世新大學教授王曉波，於7月31日出席政論節目，被主持人謝志偉問及，「我國首都在哪裡？」，回答道「我國的首都是在南京，但是我們目前在台灣地區的首都是台北。」
資深媒體人王時齊表示：「所以就跟現實的不一樣，這些年輕人，這些學生，他們出生就從來沒去過南京，他怎麼會覺得那個地方是我的首都呢？」，王曉波回應：「對不起，那你修憲，憲法也是政治的現實，兩岸到今天為止沒有統一，兩岸到現在為止台灣沒有獨立。」
王時齊於錄影結束後於臉書發文：「剛跟王曉波同台，他真的説首都在南京吔！我快毒發身亡了啊啊啊」網友紛紛在貼文下留言「我也中毒了」、「挺~住！」，民進黨立委陳其邁也於1日凌晨透過臉書批評：「北七無下限！」、「首都是南京的國家在1945年已經GG了」。
然而中華民國首都為南京的說法爭議已非首宗，據《中央社》報導，民國102年便有官員稱中華民國首都為南京，教育部發公文說明教具採購原則時，引用《憲法》內容「我國首都應為南京；惟中央政府所在地為台北」。事後，教育部承辦人員國民及學前教育署國中小組組長邱乾國坦承這段陳述不完整，過於簡略，深感抱歉及願負行政責任。
邱乾國說明，中華民國訓政時期的「訓政約法」，有提到首都是南京，但立憲後憲法卻沒有明確提到，現在教科書中的地圖如果有需要，都是在台北標示首都符號，並另以文字說明是「中央政府所在地」。 （相關報導： 學生控課綱黑箱 王曉波：依例處理 不知黑箱在哪 ｜ 更多文章 ）
親民黨立委陳怡潔對教育部的發函表示，教育部的解釋函凸顯人員法學常識的不足，也同時凸顯對台灣這塊土地的認知差異，雖《憲法》目前並未針對首都做出解釋，但依國際慣例，目前我國主權實際行政範圍為台澎金馬與東沙、南沙，台北市就是中華民國的首都。
