選後出任民進黨「敗選檢討小組」召集人的桃園市長鄭文燦，任期屆滿前夕，遭台大認定碩士論文抄襲，決議撤銷其學位；在野也針對其時任台大國發所指導教授、國安局長陳明通提出質疑。對此，台北市長柯文哲直言，有問題的是老師，不是學生。
繼前新竹市長林智堅國發所論文遭認定抄襲，黯然退出選舉後，台大2日證實，經社科院學倫會審議認定其博士論文有抄襲；鄭文燦事後也發出聲明致歉。
對此，柯文哲今上午於沖繩嘉新飯店受訪時表示，有問題的是老師，不是學生，一個學生錯那是學生錯，如果好幾個學生錯，那就是老師錯。
柯文哲認為，這個案子要處理的是老師和學院的問題，當一個老師教出這麼多抄襲學生，為何整個學院怎麼沒有機制把老師「卡」掉？這是系統失靈的問題。
至於鄭文燦的論文爭議是否會影響接下來民進黨黨主席選舉？柯文哲則說不曉得，但這件事情對台大傷害太大，他認為校方還是要有處置，感覺至今大家都是混過去的心態。
