自2021年起，法務部調查局一改過去毒品證物保存作法，銷毀頻率提升至1年2次，並縮短1、2級毒品保管時間，省下存放空間。因近年毒品數量越趨龐大，換算市值動輒上億，銷毀作業向來是調查局的年度重頭戲；然而，即便台灣民情相對單純，載運毒品證物車隊遇襲機率微乎其微，不過「不怕一萬、只怕萬一」，該有的維安必不可少，調查局自是做了萬全準備。
待銷毀的毒品證物都暫存在調查局位於新店局本部的毒品保管專庫，接獲確定處分命令後才會得以銷毀，過去1年銷毀1次，並多安排在六三「禁煙節」前。當天除出動雙北調查官搬運裝車，北機站緝毒組幹員、警衛組（駐衛警察）會荷槍實彈戒護，另協調新北市警察局開道、台北市警察局、國道公路警察局交管，確保滿車毒品能一路暢行，至於要送哪個焚化爐（北投或木柵），則還有歲修等因素要考量。
此外，由於單次銷毀的毒品總量至少數百公斤（去年第2次重量為882公斤），調查局也會請求台灣銀行支援防彈運鈔車，才能確保載運過程萬無一失。
