軍方目標2026年要造出第一艘4500噸的「新一代飛彈巡防艦」原型艦，作為未來主力戰艦更新方向，惟現階段因戰系研發進度不如預期，連帶使原先規劃的期程落後，成為海軍近年國艦國造「最沒進展」的一塊。相較潛艦國造、小型、輔戰艦船、陸基反艦飛彈籌獲如火如荼進行，大型作戰艦一旦戰力未能銜接，對海軍平、戰時任務遂行，衝擊程度恐超乎外界預期。
根據公開資訊，新一代飛彈巡防艦要搭載「海弓三」、「海劍二」等新銳防空飛彈，對應不同空層進犯威脅，再加上新式戰鬥系統、相位陣列雷達；期盼能達到如美軍具強大防空、偵搜能力的「神盾系統」，成為台版神盾。不過軍方餅畫很大，全案發展不如預期是事實，連續數年預算報繳達9成，等於沒花到錢，就直接把錢還回去，期程不斷遞延，足見其幾無進展。
