此次臺大校長遴選引起的議題之一是：我們是否可基於大學自主的理念，阻擋政治勢力介入大學校園？
認為不可以的人，往往會主張，大學自主是大學的核心價值。他們也會援引《大學法》來支持他們的立場。《大學法》第一條的文字是：「大學以研究學術，培育人才，提升文化，服務社會，促進國家發展為宗旨。大學應受學術自由之保障，並在法律規定範圍內，享有自治權。」
持不同立場的人，則往往以大學的經費來自公共預算，自應受權責單位之監管。更何況，在臺灣，大學自主的理念尚未明晰，在大家對大學自主的理念還沒有達成共識之前，就不要把這個理念無限地上綱，當作是最高的價值。
從近來幾次公私立大學校長遴選所引發的爭議來看，臺灣社會似乎仍滯留在「開發中」社會的階段。這也難怪！我們的民主尚屬於「新興的民主」（emergent democracy），我們對民主體制中政治力的權限範圍還不十分明白。在過去那麼多年來，掌握權力的政治人物利用其影響力，全面地把手深入各種公私領域。一直到解嚴後，我們才重新地摸索政治力或政治人物的權限及範圍。在這過程中，吵吵鬧鬧、跌跌撞撞，自屬難免。
我們為什麼不藉此次的爭議來釐清大學自主（university autonomy）的理念、及其在「已開發國家」中的實踐情形？假如我們對這理念沒有較清楚的掌握，而後再面對相關的討論，仍然會流於各說各話，以個人的好惡或政治立場取代理性的討論。
「autonomy」（自主）源自於希臘文，是由兩個字組合而成，一是「autos」（self，自己），一是「nomos」（law，律則）。在當今用法中，「autonomy」意謂自己為自己立法，然後自己依循這由己所立之法而行。但這「自為立法且依自立之法而行」的概念，有其內在的緊張。假如法是由「自己」而立，那麼只要自己高興，想立什麼法就立什麼法，到頭來就會流於自我的獨大，「法」在失去其穩定性的情況下，就不成為其「法」。這也就是後現代主義所隱含的「只要我喜歡，有什麼不可以」的尼采思想。幸好，賦予自主（自為立法）理念的德國哲學家康德預見了上述後現代意義的自主概念，在他的道德哲學中，力倡自主概念中的「自己」是個「理性的自己」。在自為立法中的主體是理性存有者的前提下，這個自為立法者的主體自然就會尊敬這自己所立的法，於是也就會遵循這自立的法。而這自立之法就是道德律。
由追溯自主理念的源頭來看，大學自主的理念之所以有正當性（或凡不屬大學本身力量的介入大學運作，就違逆大學自主的理念），其前提必須是大學本身是個理性的主體。假如大學本身不理性或不講道理，大學自主的理念或價值就不能為人所尊重。 （相關報導： 林志忠觀點：荒腔走板的爆走台大師生與台灣社會 ｜ 更多文章 ）
但我們怎麼來判斷大學會是個理性的主體？臺灣現有的大學多屬「樹小牆新」的機構，與傳統西方大學相較之下，尚處於青少年階段，所以若逕自認定在臺灣的大學必是理性又講道理的主體，並賦予很大的自主空間，如此的認定及賦權並不切實際。臺灣的大學必須受到外部監管──這監管可來自主管機關、媒體輿論或社會大眾──應該是件合理的事。
