1999年7月9日，時任總統的李登輝接受德國媒體「德國之聲」專訪，說出「兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係」，這段後來被稱為「特殊兩國論」的陳述，震撼了國內外政壇，甚至讓時任美國總統的柯林頓（Bill Clinton）熱線時任中國國家主席的江澤民，重申美國的「一個中國政策」。
李登輝的說法讓當時許多人憤怒、困惑，不過根據《新新聞》當時所做的民調，4成3的民眾贊成李登輝的主張，遠多於反對的1成8民眾，但尚未聽過和不知道的民眾也達3成9，顯見對內而言，這是一次成功的出擊。
被當時一些人斥為魯莽的特殊兩國論，根據當時《新新聞》記者的報導，其實在李登輝政府策畫已久。根據這篇報導，當年辜汪會談在1992年的會前會，也就是後來被國民黨稱為達成「九二共識」的那場會談，我方表達希望把主權的爭議暫擱一邊，最後達成對「一個中國」問題各自表述的共識，以促成後來的「辜汪會談」，但這種不惜以「對等政治實體」定位兩岸關係的說法，還是沒有獲得中共方面善意的回應，讓李登輝感到憤怒，開始要求幕僚研擬如何將中華民國的主權及兩岸的定位說清楚，並尋找機會發表。
也就是說，特殊兩國論的遠因之一，正是1992年的會談兩岸並沒有達成共識。
終於在1999年，李登輝等到有「兩個德國」經驗的德國媒體專訪，決心利用機會把話說清楚，根據本文的報導，專訪前幕僚看到講稿上「兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係」等文字，心中暗忖，「總統終於要講了！」可見此說策畫已久。（新新聞編輯部）
以小事大的對抗，最重要的原則就是不要依強者邏輯進行遊戲，弱勢者若能主動出擊，掌握戰略和戰術的主動性，就像李登輝總統私下形容兩岸競爭的說法，「不要看台灣很小，有時候一條蛇也能吞掉一頭羊」，李登輝接受德國之聲訪問，提出兩岸定位是「特殊的國與國關係」，就是李氏兵法的典型出擊。
準備工作早己展開
其實，有關台灣的國家定位問題，以李登輝一貫直來直往的個性，早就想把它說清楚了，他在《台灣的主張》一書中就明白表示：「為了確立台灣的存在，我們不僅要拒絕這種簡化問題為獨立問題的方式，更必須在法理上奠定無可辯駁的論據。因此，我希望在卸下總統職務之前，能集國際法學者之力，就台灣的國家定位問題，提出更完整的解釋。」
瞭解李登輝的人都知道，他的個性是很急的，屬於即知即行的那一種，所以，早在他把這個願望正式以白紙黑字形諸於文字之前，相關的準備工作早就已經開始著手進行。
如果把研究的時間設定得廣義一點，相關幕僚早在一年多以前，就針對「中華民國的國際地位及相關法律問題」展開研究，在研究出一個大致的方向後，才把問題逐漸鎖定到兩岸關係上，並由總統府決策相關單位委託相關法政學者專家，就「強化中華民國主權國家地位」議題進行專案研究，提出將兩岸關係定位在「國家與國家，至少是特殊國與國之間的關係」的建議。 （相關報導： 歷史新新聞》想像一下蔡英文演說後拜登習近平通話……，李登輝兩國論引發柯林頓江澤民熱線 ｜ 更多文章 ）
這項重大的研究方案，究竟有那些人參與？瞭解人士透露，其實，李登輝一直有相闢的幕僚群為他研究各種政治、經濟，兩岸關係等各種問題，像大陸政策有關問題，前陸委會主委張京育就曾是李登輝主要的諮詢對象之一。
