國共內戰失敗，國民黨政府撤退來台，在風雨飄搖的1950年代，蔣經國雖身為蔣中正總統的長子，他後來所握有的政治影響力，並不是繼承而來，都是靠著在國府內部明爭暗鬥而來。蔣中正在台復行視事時，任命陳誠擔任行政院長，陳誠安排蔣經國擔任部長，蔣中正不願意蔣經國一下子就登上政府檯面，只同意蔣經國到台灣省黨部工作，或者去國防部總政治部擔任副主任，可見得蔣中正也不放心兒子當官，對蔣經國的政治發展略有保留。
國府遷台早年的內部權力鬥爭，外界也許不清楚，但是美國在台單位無孔不入，加上國府官員與國民黨政治人物喜歡與美方人士交往，藉美國勢力抬高自己政治行情，對美方人員多知無不言，多年後，在美國政府的公開檔案當中，可以看到早年國府內部政爭的許多情報檔案。在這些檔案當中，可以看到蔣經國起初沒有蔣中正所擁有的那種無所不在的政治權威，是經過無數次爭鬥，才在國民黨內部的權力結構當中脫穎而出。
蔣經國是面臨來自四面八方的政治鬥爭，蔣經國沒有因為他是太子身分，就能理所當然在政治上呼風喚雨。蔣經國先後與保密局長毛人鳳、海軍總司令桂永清、陸軍總司令孫立人，台灣省主席吳國楨交手，直到1960年代陳誠在副總統任內病逝，蔣經國接班的情況才明朗化。
吳國楨流亡美國後，公開批評的對象，都是針對蔣經國幕後主導特務為主，鮮少批評蔣中正，但是吳國楨在台時候，當時的行政院長陳誠也對吳國楨感到不滿。孫立人在台其實爭議不小，孫立人與其他國民黨部隊將領相處關係甚差，加上他與美方過從甚密，美方曾有透過孫立人發動政變推翻國民黨政府，將台灣交給聯合國或美國託管的想法，這些事情傳到蔣中正與蔣經國耳裡，加上其他將領不滿孫立人在台灣的控制，使得孫立人先從陸軍總司令下台，轉任總統府參軍長，取消孫的兵權，接著在政戰系統舉發涉及共諜案後，鮮少有人幫孫立人出頭說話，若非蔣中正忌憚美國介入，孫立人待遇可能更差。
郝柏村的總長日記，曾經提到孫立人軟禁期間仍支二級上將待遇，安全有政府派人負責，顯示孫立人比較一般人其實有更好的待遇。美國中情局1955年9月29日的機密檔案顯示，因為國府關切美國對孫案的態度，使得孫立人可以逃過嚴厲的處罰，但是要面對不榮譽的強迫退休。台北當局擔心美國不良的反應，所以孫立人不會被槍斃，只會受到嚴密的監視。軍方政戰系統拿下孫立人，這也讓蔣經國在軍中擴大了相當的影響力。
中情局的解密檔案當中，有一份1951年7月25日的檔案指出，蔣中正在1951年7月15日解除了13位海軍軍官職務，因為他們正在組成小組織，蔣經國親自向海軍總司令桂永清通知這件事情，這些涉案海軍軍官包括桂永清的姪子與姻親。美國駐台海軍武官說，桂永清與蔣經國長期不和，這次事件只是思想控制的最惡劣示範。中情局對這件事情的分析認為，蔣中正對軍隊向共黨投誠與擔心第三勢力壯大，讓蔣經國擴大了許多權力。
蔣經國在1950年代還比不上陳誠的地位，兩人被中情局認為是蔣中正可能的接班人，一人是副總統兼行政院長，一人是總統長子，中情局認為，蔣經國控制有緊密團結的團體，陳誠沒有這樣的勢力。陳誠個人對蔣經國，並無偏見，但是身邊人員與蔣經國部屬，有時難免發生政治上的摩擦，但不是陳蔣兩人對抗。陳誠對蔣中正效忠，雖偶有對蔣中正領導風格有所抱怨，在陳誠日記當中，看不到陳誠表達任何政治野心。陳誠在1960年代病逝後，國府內部無人可與蔣經國挑戰接班地位，蔣中正在1966年提名嚴家淦擔任副總統，並非指定嚴家淦接班，只是給予榮譽職位罷了，各方仍以蔣經國為可能接班人，故對蔣經國攻擊未曾少過。
蔣經國年輕時被蔣中正送往蘇聯，多年後回到中國，蔣經國的蘇聯背景，以及與共產黨的關係，成為蔣經國早年在國民黨內部發展的政治包袱。甚至國府遷台後，還有親國府的美方人士，寫信給中情局局長艾倫‧杜勒斯告狀，國府內部的官員也向美方告狀，指控蔣經國與蘇聯的秘密關係。
中情局解密檔案當中，1959年9月6日，局長杜勒斯收到一封由赫律帝（Patrick J. Herrity）具名的書函，信中指控蔣經國是共產黨員。信中寫著，戰時在中國服役的美國人，對於中國淪為共黨統治，讓美國失去對國際事務的優勢地位，都感到很憤慨，但是更憤慨的是當指揮國民黨軍隊的蔣經國，繼承了蔣中正的政府，跨海伸出他共產黨的手，歡迎毛澤東與周恩來時，美國會受到更多的羞辱。國府的宣傳機構非常刻意地防止蔣經國在戰前的活動紀錄被公開。中情局當時還沒有成立，我們的盟友自由中國也能夠成功地防止你們知道這些事情。
赫律帝說，蔣經國在1930年代是公開的共產黨員，在莫斯科生活與學習。蔣經國在莫斯科多次公開批評蔣中正，蘇聯的新聞機構向全世界散發這個訊息。
蔣經國曾在1949年到上海打擊投機生意人，獲得很多人認同與支持蔣經國推動改革，赫律帝卻指控蔣經國在上海整飭經濟，是從蘇聯學來的共黨手法。他說，中國朋友告訴他，蔣經國恨美國，他們相信蔣經國是共產黨，他也認為如此。蔣經國回到蔣中正的身邊，是因為共黨老闆指使的命令。
對於蔣經國是共產黨黨員的指控，中情局給赫律帝的回覆說，會密切注意這件事情。但這並不是唯一的一次指控，中情局另一份1957年5月31日的機密報告，是有關與中情局官員在台北發生五二四事件（抗議美軍殺害劉自然無罪）後所寫的文件，其中提到1955年夏天，與美國駐華大使藍欽的會談紀要，藍欽當時認為蔣經國是反共立場，但中情局質疑，為何在國府撤退台灣之後，北京的共產黨電台總是嚴厲地批評蔣中正，但是廣播當中卻沒有任何批評蔣經國的字句。在藍欽回到台灣的兩個星期後，突然間，北京的電台發布了一些看起來似乎是對蔣經國不太友善的言論，但在這之後，北京沒有發表有關於蔣經國的任何言論。
這份中情局文件指出，台北發生的五二四事件，是台灣第二次反美示威，第一次發生在1955年的冬天，當時是由蔣經國所策畫，根據現在所有可以獲得的證據，台北第二次的反美示威，蔣經國無疑地再次扮演決定角色。儘管中情局懷疑蔣經國幕後策動反美示威，但從後來公布的蔣經國手札可以看到，蔣經國不僅沒有主導反美示威，還提醒防範學生情緒浮動。美國情報單位對蔣經國的不信任，才會研判負責組織青年工作的蔣經國在幕後主導，直到1978年蔣經國擔任總統，美國宣布與台北斷交後，台北發生抗議美國的事件，也被美方懷疑是蔣經國幕後策動，顯示美國幾十年以來，對蔣經國有某種的不信任。
更早之前，中情局一份1951年10月6日的機密文件顯示，擔任國防部政治部主任的蔣經國與保密局局長毛人鳳正在進行激烈的政治鬥爭。保密局早年與中情局合作，配合海外第三勢力的發展，表面上是進行反共任務，但另一方面，卻是藉美國援助第三勢力，壯大保密局在國府內部的政治影響力。
這份機密文件指出，政治部是台灣最有權力的機構，因為這個機構有最多的經費，有軍統局副局長戴笠手下最有經驗的人，三青團、青年軍等最有經驗的人才都被囊括。政治部在宣傳與情報方面，在台灣非常成功，但是在大陸的情報工作卻很弱小。保密局失去了不少人才，透過運用大陸的游擊部隊，要建立第三勢力，要打破蔣家對政府的控制。毛人鳳與毛森（前上海市警察局局長）兩人秘密合作，尋求美國支持第三勢力，兩人透過李龍上校進行聯繫。
中情局的機密檔案透露，毛人鳳與蔣經國是死敵，毛人鳳一有機會，就會向美國人指控蔣經國。毛人鳳告訴美方，如果蔣經國統治台灣30年，台灣會變得與蘇聯一樣。另一方面，保密局也破壞蔣緯國在陸軍裝甲部隊的發展，保密局支持陸軍將裝甲部隊分散在陸軍各單位，這樣一來，裝甲部隊就為陸軍所控制，而不是蔣緯國。但蔣緯國也不太聽從陸軍總部的命令。中情局機密檔案指出，保密局刻意擴大蔣緯國與孫立人的摩擦。
毛人鳳希望發展的第三勢力，是存在些客觀條件，根據國務院公開檔案當中，有一份1951年1月11日中情局提供給白宮國安會的資料，其中提到關於在中國大陸內部的反抗勢力到底有多少人，目前仍無可靠的資料，但推估約有70萬人，其中可能有30萬人與台灣的國府有關連。透過明確的組織、指揮與行動計畫，有效的後勤與通訊，可以加強這些反抗勢力的力量與效率。但是這樣也可能造成中共更激烈的反制，藉著大陸內部的反抗運動，指控國民黨與美國，可能影響人們對反抗運動的支持，阻礙他們的行動。在缺乏真正有效的反革命運動下，這些反抗勢力不可能真正危及或者推翻中共政權，我們最多只能期待他們分散或者阻遏共黨軍事力量的發展。
這些大陸反抗勢力，就是保密局希望發展的力量，希望美國支持，讓他們可以在大陸內部推動反共。在1950年代初期的國務院檔案當中，可以看到不少有關發展中國第三勢力的報告，美國中情局也曾投入不少資源，但是最終第三勢力沒有成為美國反共的主要力量，美方寄望台灣的國府能夠有足夠的反共實力。不過，甘迺迪總統當選後，美國明白表態不支持國府反攻大陸，國際局勢進入1960年代之後，也有了很大的轉變。蔣經國在1960年代從行政院政務委員、國防部副部長、國防部長，到後來的行政院副院長，展現出蔣中正對於蔣經國接班的培養與安排。
蔣經國離開國防部工作，恰與國府從反攻大陸，轉為積極建設台灣，發展台灣經濟的時間差不多，蔣經國在1969年轉任行政院副院長，開始參與國家建設工作，1972年接任行政院長，成為台灣的實質的政治領導人，1975年蔣中正死後，副總統嚴家淦繼位，蔣經國在1978年由行政院長升任總統，進一步提高蔣經國的政治地位，但是蔣經國在台的政治地位，早在1975年擔任國民黨主席時就已經確立了。不過，蔣經國後來能夠足夠實力掌控國民黨權力結構，還是因為他在1950年代擺脫了許多來自國府內部的權力鬥爭使然。
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