針對外傳馬英九總統是「頂新門神」、總統府在頂新案「有包袱」，影射總統包庇頂新等說法，總統府18日發表聲明，嚴厲駁斥相關指控毫無根據、憑空捏造、完全不符事實，令人遺憾。
國民黨立委蔡正元接受媒體專訪，指府黨高層在選舉期間要求台北市長參選人連勝文不要攻擊頂新。隨後國民黨立委謝國樑也在廣播專訪中透露，府院未全力「滅頂」，是因為「總統府有很大包袱」、「拿人手軟」。相關談話引發各種揣測，媒體周玉蔻更指頂新疑似向藍營捐獻2億元政治獻金。
總統府發言人馬瑋國18日上午表示，面對黑心油品事件，總統府自始至終支持行政院依法嚴查重罰、偵辦到底的強力作為。馬瑋國強調，政府對於所有的黑心油案，都是依法秉公處理、決不寬貸，絕對禁得起檢驗。
總統府指出，到目前為止，全國共13個地檢署累計偵辦133案件，投入736人次的偵辦人力，起訴包括魏應充等57人；並求處重刑、收押21人，總計查扣犯罪所得近27億元，其中就包括魏應充等5名負責人或涉案人的銀行帳戶存款、股票、車輛、不動產等；地方政府衛生局裁處相關廠商，累計高達新台幣3億3868萬元。
