新冠肺炎（武漢肺炎）疫情延燒，各縣市政府的防疫作為成為討論焦點。台南市府幕僚透露，市長黃偉哲本就沒有很鮮明的藍綠色彩，不會看顏色做事；在市府內部開會時，黃偉哲會一再強調，「其他城市已經做過功課，甚至付出代價，我們不要重蹈覆徹，一定要從其他縣市的經驗學習」。
幕僚透露，黃偉哲的臉書、市府官網較像是過去擔任民代時候的服務處，對於市民提出的需求，甚至現在有任何防疫狀況，只要有民眾反應，他幾乎都是第一時間處理。
針對疫情衝擊民生經濟，有一市府幕僚指出，黃偉哲認為，應透過產業輔導、因案補貼來協助民眾，單純只是減稅效果不大。如台南小吃店林立，市府過去就針對小吃攤的透明遮罩給予補貼；而部分受到衝擊產業，市府也規劃員工到勞工局上課，並給予補助，希望在疫情嚴峻的時候，企業不要解雇員工，同時也能藉此機會培養員工能力。
