復興航空澎湖空難以來，民航局每天對外說明事件處理進度，然而三天來負責對外發言的民航局副局長李萬里，數度在說明事發原因時提及「要不要降落由駕駛員決定」等語，引發家屬及輿論質疑卸責。在25日下午的例行說明中，民航局對事故細節等不願再多談，強調由飛安會進行調查。
復興航空GE222失事以來，除了趕赴澎湖現場坐鎮的民航局長沈啟外，台北的對外發言一律由李萬里負責。他在25日上午也應要求進總統府，向馬英九總統及府院高層報告空難處理情況。
由於外界急於了解事故原因，加上各方提出天候不佳卻仍然放飛、飛機遭雷擊、航管未及時示警，以及馬公機場設備不足等揣測，李萬里在說明可能原因時，多次提出「要不要降落，由駕駛員決定」、「飛機是機師在飛」等說法，遭罹難者家屬及輿論質疑民航局卸責。
在輿論壓力下，民航局雖在25 日下午依既定安排舉行說明會，但除了依新聞稿發言外，對事發當時的細節及天候條件等相關問題，一律避而不談，全部以「交由飛安會調查」回應。
而同一時間在馬公航空站舉行的記者會上，飛安會執行長王興中表示，已陸續對目擊者、生還者及航管員進行訪談，將進一步比對和查證；此外，飛安會技術人員也由主殘骸區向外擴大搜尋，在外圍樹林內發現殘骸和散落物，並有一處樹梢有遭切折的跡象，疑為新撞擊點，已進行量測和定位工作。
而民航局25 日下午也發佈最新處理進度，證實目前已確認35位罹難者身分、簽發34位死亡證明書，另2位法籍旅客已完成初步相驗，但須待家屬來台後才能指認；此外，尚有11位待確認身分者，已於今天完成DNA採集，預計26日可完成身分比對。
此外，交通部已於成立「復興GE222班機空難善後聯合服務中心」，於台北、高雄及澎湖分別設有單一窗口，便利罹難者家屬辦理後續相關善後事宜，包括戶籍（除籍）、喪葬救助、兵役、財產、遺產稅查詢、保險理賠、子女就學、法律諮詢服務，及心理諮商輔導等。
