相對於府會不一致的時期，在一個新興民主國家當中，當總統和國會多數屬於同黨的時候，總統優越型的半總統制容易產生另一方面的問題，那就是總統是否有可能專擅大權，從而造成「滑回威權」的可能。在這一方面最為顯著的例子便是俄羅斯。臺灣自從2008年以來回歸府會一致，府會間結構性的緊張關係一夕解除。此時馬總統可以藉著直接任命行政院長來掌控內閣，又藉著其執政黨實質領袖的地位控制國會，並擁有民意對強總統的支持，因此形式上的權力極大。在執政初期，馬總統嘗試在總統和行政院長之間採取分工模式，由自己處理國安、兩岸與外交等事務，而由行政院長主理經濟與內政。這樣的分工是出於總統的主動，也隨總統的意志而調整，因此並非對於總統權力的限縮。果然在2009年八月莫拉克風災後，由於民眾期待總統回到第一線直接領導、並擔負責任，因此馬總統便在許多行政院長權責事務中裁定政策，對政府進行指點，並替換了閣揆，可見總統綜攬權力的大局並無改變，而社會輿論也視為正常。迨2009年十月，馬總統接任執政國民黨之主席，其對黨政權力的掌控便更進一步。
馬總統在第一任期內雖然遭逢國際金融危機，但其所採行的對應方式與藉由改善兩岸關係來提振台灣經濟的整體策略尚能獲得民眾的肯定，因而在2012年獲得連任成功。然而在第二任期初期（2012-2013年），馬總統急切地推動多項改革方案，包括調漲油電費率、開徵證所稅、進行年金改革、推動募兵制、實施教改方案等，遭到來自國會與社會之甚大阻力，而政府在壓力下多無法堅持，於是除原本反對者外也喪失本有的支持，同時各政策議題相互連結，反對勢力乃不斷增強，輿論持續批判，導致政府之聲望大幅跌落，逐漸已經無法再行推動重大具有爭議性之政策。2013年洪仲丘事件導致輿論沸騰，出現「白衫軍」之公民運動，而政府在民間巨大壓力之下迅速讓步，同意修正軍事審判法，在非戰爭時期將軍人案件由軍事法庭移交一般司法機構審理。洪案設定了一個政府與抗議團體的互動模式，在政府威信低迷之時，社會抗議勢力可以強勢的抗爭手段迫使政府屈服。在此種情境之下，馬政府仍試圖推動ECFA之下的兩岸服務貿易協定，受到反對黨和眾多公民團體之抵制，最終釀成2014年春的「太陽花學運」，抗議學生藉著長期佔領立法院（3/18-4/10），成功迫使政府同意先建立兩岸協議監督機制，再以其審查服貿協議。太陽花學運甫息，反核四運動又起，政府亦快速做出最大讓步，同意核四停工封存，其命運將來再定。在2014年底之九合一地方選舉中，國民黨遭受極大的挫敗，似預示2016年總統與國會大選之結局。
