由於在第四次修憲時，總統是被賦予了行政院長的完全任命權，不需要獲得立法院的同意，因此在制度上總統是可以依據本身的意志來行事的。這樣做的結果，當然可能導致國會的反對，而以不信任的方式迫使新內閣去職。然而此時憲法又規定總統可以解散國會，以探詢最新的民意。如果選舉的結果由國會的多數獲勝，則總統自應退讓。所以究竟會由總統、還是國會多數來決定內閣的組成，最後還是要由民意來決定。那麼究竟總統會如何行動，而國會又會如何的反應呢？在當時的政治情況之下，國民黨剛在總統大選中挫敗，政黨的聲望正低，同時「藍營」分裂，宋楚瑜組成了親民黨，與國民黨瓜分泛藍的票源，同時臺灣的民眾長期習慣於總統任命閣揆、主導行政，因此一旦總統和國會對決，而最後以新的國會選舉來決定結局，則陳總統一方的勝算頗大。在這樣的情境之下，仍由國民黨所掌控的國會乃決定不挑戰陳總統的閣揆任命權。
陳總統從唐飛開始，在其八年（2000-2008年，其中2004年連任成功）的任期之內，一共任命了六位行政院長（唐飛、張俊雄I、游錫堃、謝長廷、蘇貞昌、張俊雄II），完全沒有徵詢國會的意見。在2000年關鍵時候所建立的先例，乃決定了我國半總統制的運作模式為「總統優越」，也就是無論府會是否一致，都是由總統依己意任命內閣，國會無法贊一言。閣揆既然如此任命，當然也就唯總統之命是從。此種總統優越的情況在2008年總統與國會大選，雙雙由國民黨獲勝後，自然也不會改變。由於府會復歸一致（2012 年國民黨又在總統和國會大選中獲勝），總統有憲法職權、國會多數，和民意支持來任命自己所屬意的行政院長。因此馬英九總統乃先後任命了劉兆玄、吳敦義、陳沖、江宜樺、毛治國與張善政等六位行政院長，而不需要徵求國會的同意。因此我國持續在總統優越的憲政軌道上運作（參見表二）。
總統優越型的半總統制在2016年政黨再次輪替執政時受到了一次相當大的考驗。對於馬英九總統而言，他理想中的憲政體制其實是接近「分工妥協」模式的。他在2007年接受國民黨提名為總統候選人時，便主張如果民進黨在國會選舉中獲勝，則他將會任命民進黨人為行政院長。由於國民黨在接下來的國會和總統大選中都獲得勝利，因以馬總統的承諾無法實現。另一方面，從馬總統在安排內閣和國安人事時總是分批處理，而在前者相當尊重閣揆的意見、在後者則由總統決斷來看，他是頗為堅持總統在國安大政方針（國防、外交、兩岸）上的主導權（憲法增修條款第二條）。因此對於馬總統來說，如果反對黨掌控了國會多數，則固然行政院長之位應該由反對黨人士擔任，可是與國安相關的職位則仍應由總統決定。這就是「分工妥協」的運作模式。可是對於在2012與2016年民進黨的總統候選人蔡英文主席而言，她是以總統制的精神來理解我國的憲政體制，因此不接受由國會多數組閣的看法，而認為應該由新任總統決定內閣人事。這樣相互衝突的兩種意見，到了2016年總統與國會大選過後，就出現了憲政體制運作型態的爭議。
