在2016年一月選後到五月新任總統就職間有四個月的時間，此時主張由國會決定內閣人事的馬總統希望由民進黨人組閣，但是蔡英文主席則主張國民黨應以看守內閣的形式繼續執政到她在五月廿日就任時為止，並認為馬總統的主張會造成憲政混亂。由於民進黨拒絕組閣，而國民黨當時的閣揆毛治國又堅持請辭，因此馬總統便以張善政組閣，成為馬總統的第六任閣揆。馬總統還是在國會由反對黨控制的情況之下，決定了由同黨人士所組成的內閣，「總統優越」仍然持續（參見表二）。馬、蔡二人意見的不一致顯現出的便是「分工妥協」和「總統優越」這兩種運作型態的衝突，而最後政府依總統而轉，不依國會而變，則清楚顯示出我國仍然在「總統優越」的半總統制軌道上運作，並沒有依馬總統的主觀意願而改變。
由於民進黨在2016年的總統和國會大選中獲勝，而蔡總統又主張總統決定閣揆和內閣人事，因此從新總統就職後，我國持續實踐總統優越的半總統制。蔡總統到目前為止先後任命了林全和賴清德兩位行政院長，前者的無黨籍身份更進一步體現了總統的個人組閣權是超越國會的政黨席次分配的（參見表二）。由於我國持續在總統優越制的軌道上運作，因此這種半總統制次類型的運作問題，也從1997年以來的憲政實踐當中充分地顯露出來。
總統優越制的困局
由於總統優越是半總統制中總統權威最大的次類型，因此在實踐上容易在此一特點上產生問題。在府會一致時，總統優越制會給予總統極大的權限，一方面透過行政院長控制政府，一方面透過多數黨控制國會，因而可能產生權力氾濫的問題。而當政府力推具有高度爭議性的法案時，由於反對力量無法在建制管道中進行阻擋，因此就容易產生激烈的社會抗爭。在府會不一致時，總統優越制會讓總統還是能夠依照本身的意志來決定政府的人事與重大的政策，而與國會多數產生衝突。由於在這種體制之下國會不會訴諸倒閣的手段，因此府會間的爭議便形成僵局，而導致政府的重大法案無法通過，施政產生困難。一個衍生出來的問題是，總統雖然掌握大權，但是如有施政不當，卻不需要負責，而行政院長雖實為總統僚屬，卻常需要為不是自己決定的政策負責，被總統任意更換，以抒解民怨，因此總統被認為「有權無責」，閣揆卻是「有責無權」。因此，總統優越制無論在府會一致或是府會不一致的情況之下，都有其特殊的問題。在我國確立半總統制總統優越的體制之後，已經出現了陳水扁總統任內（2000-2008）的府會不一致、和馬英九與蔡英文總統任內（2008- ）的府會一致兩種型態。在這兩種時期當中，各自出現了總統優越制的問題。這些問題就是社會各界在2015年呼籲重新進行憲政改革的主要背景。
