「民國 38 年 (公元 1949 年) 起，中國處於暫時分裂之狀態，由兩個政治實體，分治海峽兩岸，乃為客觀之事實，任何謀求統一之主張，不 能忽視此一事實之存在。」
換句說，這決議將模糊的「政治實體」定位，再向明確的方向推進一步，實質上將兩岸定位 為「分裂國家」，是由「兩個政治實體，分治海峽兩岸」，並提醒北京，說這是客觀之事實， 「任何謀求統一之主張，不能忽視此一事實之存在」。（順便一提，約略在同時立法的《台灣地區與大陸地區人民關係條例》，也是以這種「分治」的思維去構思。）台北方面所講的當然是事實，問題是這基本上是跟北京主張的「一國兩制」針鋒相對的。矛盾的表面化、明確化是時間早晚而已，是一定會浮上檯面的。
因為有這個關鍵性的分歧，所以在兩岸協商中爭議不斷。最為人所知的是 1992 年在香港的會談，即所謂「九二共識」的公案。
耙梳當年的相關資料，可以很清楚看到，當年北京在策略上採取強調「海峽兩岸均 堅持『一個中國』」這個「同」的表述，但對「差異性」這一面則刻意淡化，並在稍後以「在事務性協商中不涉及『一個中國』的涵義上的分歧」的說詞，將這個差異「暫時」存而不論， 先確定「兩岸均堅持一個中國的原則」再說。所以，當年海協會關於這爭議的口頭表述是， 「海峽兩岸均堅持一個中國的原則，努力謀求國家的統一，但在海峽兩岸的事務性協商中， 不涉及『一個中國』的政治涵義」。
至於台北方面，雖然勉強說 「雙方雖均堅持『一個中國』的原則」，但著重要強調的是「差異」，即「但對於一個中國的涵義，認知各有不同」。時任陸委會副主委的馬英九在香港會談不算破裂但陷入嚴重僵局之際發表談話，表達台北的立場說，「在一個中國的原則問 題上，中共如果想用模糊的概念把我們吃掉，我們是絕對不會接受的，我方不能接受不加註 說明的『一個中國』原則」（引自方鵬程《台灣海基會的故事》，頁 82）。這說法很清楚反應出， 當時的國民黨人理解，如果只談「一個中國」而不加註說明，那在現實上是要被吃掉的。因為，從 2758 號決議以後，「一個中國」符號的指涉，是向北京傾斜的，國際政治的現實本來就是殘酷的。但要像《關於「一個中國」的涵義》那樣界定，那邏輯的必然是分裂的兩個國家，而且還殘存著零和之法統殘遺，甚至還停留在反攻大陸時期，等待「王師北定中原日」呢。
92 年的香港會談，雖然在雙方各有打算的情形下，暫時把這個根本的分歧擱在一邊， 陸續進行了包括 1993 年辜汪新加坡會談在內的一系列商談互動，並試著建立「制度性的協商」。然而，在兩岸關係定位上的根本歧見，不要說解決，連比較貼切的相互理解都還很欠缺， 所以只要一點風吹草動，兩岸的緊張立刻凸顯。後來，無論是康乃爾之行、總統直選，還是 「中華民國在台灣」等說法，北京幾乎都視為是對「一個中國」的背棄、挑戰。更不用說後 來政黨輪替，綠營執政。於是，海峽多事。
