然而，很可惜的，不知道什麼原因，一直到2000年政黨輪替，這個諮詢機構並沒有設立。國發會之前，類似最高決策諮詢機構之「國統會」，因最大在野黨民進黨不參與，以及其他原因，大約在 1992 年第九次會議後，基本上已處於閒置狀態，有如例行之應卯，角色及功能大大弱化，與剛成立時不可同日而語。正因此，在野力量之爭取參與兩岸決策，建議設置諮詢機構，是有其現實背景的。
政黨輪替後，民進黨的陳水扁接任總統，一方面，朝小野大，泛藍陣營在立法院佔優勢；另一方面，北京要求新總統在兩岸政策上接受「一個中國」原則，以致兩岸關係陷入低迷，朝野對兩岸關係政策幾乎各說各話、相互攻擊。由於政黨輪替前，藍營之兩岸關係原則環繞「一個中國」原則，且跟北京又有環繞 92 會談之相關爭執，而綠營則拒斥「一個中國」 原則，為處理相關問題，並且緩和情勢，陳總統就任後，公布《跨黨派小組設置要點》，設立任務編組性質的「跨黨派小組」，邀請李遠哲擔任召集人，後來提出《三個認知，四個建議》。 由於泛藍陣營的抵制，小組大約在提出《三個認知，四個建議》後，慢慢無疾而終。
2004 年，陳水扁連任，國內外政局仍然動盪不安，為緩和朝野之對立，陳總統在就職演說中宣示，他將在他 2000 年就職演說所揭櫫的原則和承諾之基礎上，進一步邀集朝野政黨及社會各界共同參與，成立「兩岸和平發展委員會」，凝聚朝野的智慧與全民的共識，擬 定《兩岸和平發展綱領》，共同策進兩岸和平穩定、永續發展的新關係。
這項宣示，雖經當時的國安會展開幕僚規劃作業，並展開探詢包括前跨黨派小組召集人李遠哲等重要意見領袖及非綠營政界人士之意見，草凝《兩岸和平發展委員會設置要點》， 然當時朝野緊張，經初步非正式接觸，均得到負面之回應，親民黨立院黨團且凝具《維護中華民國民主法制，台灣人民當家作主，促進海峽兩岸和平法》草案，交付立法院內政委員會審查，後來並改由國民黨團、親民黨團共同提案。由此可見當時朝野、藍綠分歧爭議之大。 後來，「兩岸和平發展委員會」之設立被迫擱置，當然也談不上《兩岸和平發展綱領》之擬定 了，而藍營之《促進海峽兩岸和平法》也因爭議無共識沒有文成立法。
2008 年政黨在輪替後，這個議題就歸入歷史檔案了。再回頭看國發會一些具關鍵性意涵之「共同意見」及其歧異。
兩岸關係中，不只我們內部各黨派之間，而且兩岸之間最敏感、最棘手的議題，也是分歧最大的當然是兩岸的定位問題。對這個問題，協商小組討論非常激烈。他們討論後同意，當前兩岸的事實狀態是，1912 年以來，中華民國是一個主權獨立的國家，1949 年以後， 中華人民共和國亦成為一個主權國家。但是，這兩者之間的關係要怎麼定位？在評估各種可 能的定位方式及各黨的立場後，小組決定建議，從 1970 年代 “one nation, two states” 這一 「布朗德主義」 模式思考，它從存在「兩個政府」這個歷史事實出發，在事實狀態的基礎上， 依主權國的地位，聯合國憲章中一切國家主權平等的普遍性原則，互相尊重對方為國際法中的主體地位，但同時因現實政治的考慮，規避相互間的「國際承認」，彼此間不以外國關係對待。小組討論時認為，這樣既能照顧到國、民兩黨強調「存在兩個主權國家」的事實狀態， 野能照顧到國、新兩黨追求國家統一的立場，或許也可以考慮到兩岸非外國關係，留下一些法理的聯繫可能，所以，小組建議這樣表述：
