正如前述，從解嚴、終止動員戡亂以來，「調整非常體制，走向正常化」是民主改革 工程的主軸。李總統在國家發展會議開幕典禮也說，「過去幾年來，（在政治改革方面）全國上下一步一腳印，循序漸進，度過了多少艱辛困頓，化解了多少危疑震撼，終於奠定了今天 『主權在民』的民主宏規」，在走出動員戡亂的威權體制後，「主權在民」往往成為人民最優 先的關切。在兩岸組的 36 項共同意見中，歸納其主軸，可以看出，各項共同意見無不環繞「獨立主權」展開，也無不聚焦在「獨立主權」這個核心上。環繞著這一點，儘管許多具體的措施、作為該如何會有分歧的意見，但在這核心問題上，卻有著高度的共識。
但是，從事後看，與會各方對「獨立主權」這一主軸雖有高度共識，但其意涵為何， 如何呈現這意涵等等，從籌備階段之幕僚作業就一直有著一些爭議。一直到正式會議仍然意見交錯，會議主持人之一的許信良提議，由國、民、新三黨各推出席代表一人、學者專家一人成立協商小組共六人，根據正式會議前之「兩岸關係議題專題綜合研討會」之討論內容及 會前專題研究報告，進行協商，撰凝「初步共識草案」，再提交全體出席人員討論、修正通過。 從這個過程，應證這次會議有著濃厚的政黨協商意涵。
兩岸議題，也跟當時重大問題一樣，朝野各黨都有自己的立場，甚且有相當的差異。 因此，如果要形成一定之共識，各方都要有相當之妥協忍讓。因此，當時在野的民、新兩黨代表都強調，這些共識之達成，必須是以在野黨及具代表性之各界人士能充分參與未來關於 兩岸之重大決策為前提。國民黨的代表對此意見不表異議。
因此，後來大會正式達成之 36 項「共同意見」中，首先標舉「為整合國內各界對兩岸關係之意見，俾凝聚共識，政府未來關於兩岸之重大決策，應強化在野黨及具代表性之各界人士充分參與之機制」，並與最後一項「建議總統另設兩岸關係決策之諮詢機構，其成員應包括在野政黨及具代表性之各界人士」相呼應。
這一共同意見很快獲得回應，李登輝總統在閉幕典禮致詞時，除了再一次強調召開國發會的目的，「是為了凝聚社會的共識」，說當前也是一個「溝通協商」的時代，在推動改革的過程，不能採取「擅專獨斷」的作法，而必須透過溝通協商，凝聚改革的共識。最後，他 回應「兩岸關係組」在總結報告中的建議，宣告「總統府將成立國家發展諮詢機構，暫設憲政體制、經濟發展和兩岸關係三個研究諮詢小組，必要時也可增設其他研究諮詢小組，適時邀請政黨及社會各界代表，針對國家發展的重要課題，進行研討協商，凝聚共識，共謀最佳對策。」
