結束四天三夜行程，中國國台辦主任張志軍在28日傍晚依原訂計劃，搭乘6特25分的班機返回中國。張志軍在上機前短暫受訪表示，他知道台灣是多元社會，但台灣民眾應該思考不同聲音應該如何表達。儘管短短行程中從入境到回國，幾乎每個行程都有抗議活動，但張志軍說，這次訪台絕對不會是最後一次。
張志軍於25日中午抵達台灣展開訪問，入境後幾乎每個行程都有抗議活動；而隨著張志軍南下，在高雄和彰化先後發生激烈衝突，數名民眾在不同活動中受傷，也導致張志軍不得不緊急取消在台最後一天的行程，提前三個小時前往機場商務中心等候班機返回北京。
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中國國台辦主任張志軍離台前，還有民眾拿著台灣國的國旗到機場「送機」。(余志偉攝)
儘管最後一天行程接連取消，甚至不得不倉皇提前趕往機場，但張志軍在上機前面對媒體時依舊滿臉笑容。被問到民眾接連抗爭，張志軍會不會覺得不禮貌時，他表示，「這個問題大家可以做出判斷」，台灣是多元社會，有不同聲音，但聲音應該要用什麼方式表達，更應該由台灣民眾自己去考慮。
而被問到未來還會不會到台灣訪問時，張志軍更十分有信心地說，這次台灣行絕對不會是最後一次。
此次張志軍此行雖是中國涉台機關國台辦主任首次來台，除了在與陸委會主委王郁琦的正式會談中達成互設辦事處具備人道探視功能、陸客中轉等事務性議題成果，雙方在非正式的茶敘中也對兩岸政治對話有過一番交鋒。
兩岸決策官員說，張志軍不僅向台灣學界積極倡議政治對話，也當面向陸委會提出此一主張；此外，在面對藍綠重量級地方首長時，同樣不避諱提及政治分歧及對話的必要性，促談用意十分明顯。
從議題內容來看，張志軍此行實質及象徵意義兼俱，一方面明確表達在三月學運之後，中國積極向「三中一青」群體示好的善意；同時又藉拜會地方之便，公開與綠營要角接觸，向外界展現北京對台灣議題持開放態度的作為，可說收穫頗豐。
張志軍此行幾乎每場都有民眾抗議，但最驚險的是27日高雄西子灣那一場，他差一點也被潑了白漆。(吳逸驊攝)
但行程中發生多起抗議活動濺血，甚至導致張志軍取消部分行程，儘管在中國媒體上並未報導，但在台灣輿論中已引發不同意見。兩岸決策官員表示，抗爭事件不至於影響兩岸關係大局，但陸委會及相關部門還是必須檢討維安工作疏漏；然而抗爭事件加深國內民眾對兩岸關係的意見分歧，甚至導致地方首長面臨譴責，對台灣國內政治的後座力如何，尚須進一步觀察。
