陸委會在28日凌晨2點多臨時通知，中國國台辦主任張志軍上午參訪高雄前鎮漁港和霧峰林家的原訂行程，在雙方討論下決定取消，並且避搭高鐵，改為拉車前往台中。由於2處均是開放場地，是否有維安考量，陸委會並未說明。同時，陸委會也通知媒體，原本就只限部分媒體才能採訪的鹿港天后宮行程，陸委會也取消記者的交通安排。
張志軍27日晚間與陸委會主委王郁琦茶敘，車隊在會場西子灣沙灘會館門口遭抗議群眾潑灑白漆及冥紙。儘管王郁琦表示張志軍心情未受影響，但現場可明顯看出張志軍受到驚嚇，神情十分不悅，隨行國台辦官員更是非常氣憤，陸委會副主委張顯耀當場怒飆警方，痛斥高市警方「維安是怎麼做的」。
張志軍原本規劃在28日上午7時45分參訪前鎮漁港，隨後搭乘高鐵轉往台中，10時10分赴霧峰林家參觀。在潑漆事件後，陸委會凌晨2點臨時通知媒體取消上述2項行程，卻未說明原因。另據了解，由於昨天（27日）高鐵左營站爆發激烈警民衝突，張志軍一行也取消再乘高鐵，而是直接拉車前往台中。
張志軍28日的行程，除11點半與台中市長胡志強的會晤維持不變外，下午前往鹿港天后宮的活動雖未取消，陸委會卻告知隨行採訪的記者，取消原為記者安排由台中轉往鹿港的車輛安排。原本採訪人數就限縮到極少數人的行程，如今記者必須自行設法前往。
至於取消交通安排的技術性限制記者採訪，是否也基於維安考量，陸委會亦未有任何解釋。
此次張志軍訪台行程，儘管陸委會一再強調全程統籌安排，並主導與各接待城市協調維安及活動內容，然而第1天的桃園諾富特飯店破門風波，陸委會就置身事外，未對外界做隻字發言。
而原本陸委會官員私下告知媒體，新北市的朱張會及高雄的陳張會，以及義守大學學生座談全程對外開放，陸委會也是行程前一刻才「被告知」，中方已逕自與接待部門商定流程，負責媒體協調的陸委會只能被動地轉告媒體規劃變動。
隨行媒體已因採訪人數極度受到限制，對陸委會十分不滿，加上隨訪交通必須自行設法，密集行程更導致媒體發稿困難，也使得這場難得的兩岸重大交流事件，成為陸委會的公關災難。
