柯文哲在民進黨台北市長在野整合民調中勝出。據了解，面對未來選戰，柯早已積極進行民進黨內的整合工作，由於在黨內初選時，黨內新潮流系支持顧立雄，柯在民進黨初選結束後，在前市議員李文英陪同下，親訪總幹事利錦祥，利除證實先前曾和柯見面，也強調現在既然柯已勝出，未來當然全力挺柯，「難道要支持連勝文嗎？」
利錦祥說，民進黨內第1階段初選結束後，他曾在友人安排下，在友人家中和柯見面，雙方相談甚歡，對未來選戰，也交換不少意見，當時他曾坦言，在野整合初選這一關，柯文哲和姚文智的競爭，新系恐怕也幫不上忙，但柯如最後若能從在野整合競爭中勝出，當然會全力支持。
另據指出，柯文哲除親訪利錦祥外，第1階段初選結束後，柯辦幕僚也曾親訪新潮流辦公室。對化解先前和新系心結，營造未來合作契機，柯文哲陣營相當積極。
今年年初，新系內一度出現支持柯文哲的聲音，為了爭取新潮流，在桃園市長黨內初選時，柯文哲除了為鄭寶清站台，也不忘出席新潮流總召集人鄭文燦活動助陣，只是後來新系擬積極挺柯消息曝光，對和新系情誼深厚的顧立雄太傷，新系才中斷和柯文哲接觸。
柯營人士透露，在新系擬挺柯消息曝光後，柯文哲本還有安排挺鄭文燦行程，最後都被新系方面取消，鄭甚還曾因消息曝光，受到新系大老不少責難，不過，最後雖未取得柯文哲加持，鄭文燦最後還是在黨內提名競爭中勝出。
黨內人士分析，從早先黨內協調小組討論北市選戰佈局，段宜康、吳思瑤等新系成員，對在野整合態度消極，黨內初選時，新系從陳菊、賴清德等執政縣市長，到全體北市議員都賣力挺顧立雄，以行動化解新潮流改挺柯文哲的傳聞。
柯文哲除積極爭取新潮流系支持，由於其第2階段競爭對手為謝系立委姚文智，據指出，柯也曾再三訪問先前曾在黨內力主在野整合的前行政院長謝長廷，謝也對柯坦言，會出國迴避。前主席蘇貞昌任內最後一次中常會，擬請謝任在野整合小組召集人，謝也推拒，最後改由立委高志鵬擔任，姚在第2階段的競選活動，謝沒現身，謝今天也在臉書上貼文讚姚和柯，盼2人能迅速整合。
謝長廷貼文如下：「姚文智和柯文哲的整合民調在昨晚告一段落，雙方本人在過程中都還能維持一定的風度，並不容易，希望結果公布後，能迅速完成整合，發揮1加1大於2的力量，打破長期國民黨的壟斷結構，讓『市民做主』在台北市有一個開始。」
