世界銀行前副總裁林毅夫自1979年在金門擔任連長時叛逃赴中國後，24年來遭通緝從未回台，甚至未能參加父親葬禮。如今隨著監委發函至法務部，「林毅夫是否回台」各界又起爭議。
國防部法律事務司長周志仁21日指出，林毅夫通緝不變，他是中國大陸全國政協常務委員，控制大陸地區的黨政軍，屬於陸海空軍刑法所訂「敵人」的範疇。若是有天林毅夫脫離中共黨政軍組織，變成一般大陸人民之日，才不算是「敵人」。
不過，監委葉耀鵬卻提到，國防部對林毅夫案多年來採淡化消極處理態度，對「叛逃人員」的法律適用問題，仍無定論，而且「有何罪可以通緝一輩子呢？」而林毅夫一案，長久以來也傷害國軍威信。
台聯黨難得支持國防部的立場，台聯黨團幹事長葉津鈴認為，背叛國家的軍人林毅夫若回台，將瓦解軍心，不但使得國軍不知為何而戰、為誰而戰，更形同鼓勵現役軍人大叛逃。
監委趙昌平指出，軍審法修正後，林毅夫案從軍法移到司法後，法律適用問題引起法學界及輿論界看法分歧，基本上這是一個法律問題，引起社會爭議的問題，大家有討論空間。
葉耀鵬、趙昌平月初發函法務部，要求22日說明林毅夫案法律適用問題。此舉遭外界批評，監察院企圖用約詢干預司法。葉耀鵬、趙昌平21日回應，約詢法務部是想了解其法律意見。
